标签：生信分析，系统发育

     背景：RDP是一款检测重组或重配的软件，适用于Windows 95/98/NT/XP/VISTA系统的软件（其实win7/8/10也可以），这款软件最大的特点是：它同时使用一系列不同的重组检测方法来检测比对后的序列中明显的重组事件，而不需要用户事先指示非重组的参考序列。但是根据用户的实际使用中发现，这个软件对于大型数据集，可能会得到许多假阳性结果。

所以对于大量数据（条数比较多的序列）可以先用RDP进行疑似重组初次筛选，再将所得结果用另外一个软件Simplot进行精确的第二次重组筛选和重组断点定位，如此便可精确定位到重组。

具体分析方法详见详见：we-chat“生信雀”，接近1万多字的图文中文版使用手册，目前最详细，没有之一。