参考文献

Combination IFNβ and membrane-stable CD40L maximize tumor dendritic cell activation and lymph node trafficking to elicit systemic T-cell immunity - PMC

单细胞数据处理流程

方法部分描述

该文章以Seurat分析为主

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1. 基本质控

指标有：线粒体基因比例不多于10%、至少检测到200基因的细胞

2. 去除双细胞

软件包有：Srublet、doubletCells、DoubleFinder、scDblFinder
指标：至少两种软件包识别为双细胞的细胞去除

3. 去除批次效应

软件包有：Seurat包自带的整合算法

4. 降维聚类分群

软件包有：Seurat包
过程：

• logNormalized
• 取top 4000高变化基因
• PCA分析
• 通过SNN方法构建图网络
• FindClusters函数以resolution=0.8 划分亚群
• UMAP分析进行可视化基因表达以及亚群

差异表达分析 亚群注释

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这部分也是Seurat做的

5. 差异分析

软件包有：Seurat包的FindAllmarkers
指标：logFC > 0.25, P.adj < 0.05.

6. 经典marker注释

手动收集以往文献marker，结合差异分析结果、富集分析、自动注释算法联合确定亚群。