在阿米巴经营的实践中，还有一个要点，那就是“阿米巴之间的的定价”。
各道工序的阿米巴组织设定后，各阿米巴之间就要进行买卖，必须决定阿米巴之间的买卖价格。因为各个阿米巴都要尽心提高自己的核算效益，所以这个阿米巴之间的定价对阿米巴经营来说就非常重要，而且也非常困难。
这是因为阿米巴之间的买卖价格并没有客观的标准。有一个卖给客户的最终价格，但工序间的买卖价格却没有任何客观的基准。
那么，怎么来决定阿米巴之间的卖价呢？
某产品的订单决定后，从它的最终价格向前倒算，来决定各道工序的价格。
这一产品以这一价格卖给客户，那么，最终的检验工序的价格是多少，精加工工序价格是多少，一直推到原料部门是多少。这样来决定各道工序间的价格。
这时候，某个部门并没有付出特别的劳力，却因定价高，很轻松就能盈利。而别的部门费工费时，却因定价过低，不管怎样努力，依然亏损。这样定价就很不公平。对阿米巴之间的定价做出判断的人，必须公正无私，具备让各方接受和认可的见识。
对阿米巴之间的定价做出判断的人，必须掌握：哪个部门会发生多少费用，需要多少劳力，产品技术上的难度如何，等等。
同时还要能够对照社会尝试，让有关工序在正常都能盈利。必须这样来定价。
所谓社会尝试，就是有关劳动价值的常识。比如，销售电子设备，毛利一般是多少，如用临时工，日工资是多少，以及这项作业如果让外面做，要花多少钱，等等。这些常识都要知晓。
就是说，各个阿米巴之间的定价，要有对各个阿米巴工作内容相当了解的领导人，根据社会常识，考察各阿米巴的费用和劳力，决定适宜公平的价格。
这是一项非常困难的工作，同时也是一项非常重要的工作。
即使这样来给阿米巴定价，仍然会发生各阿米巴之间的对立和争执。例如，假设最初各阿米巴很公平地决定了价格，但过了两个月，由于市场竞争的结果，最终价格降了一成。
这种情况下，如果各道工序都能降价一成，那当然最好。但是，其中有的工序阿米巴可能会说：“这个产品我们以前就亏损，之前我们就一直要求调整价格。现在又要一齐降价一成，我们的亏损将更大，生产这种产品已没有意义。所以这个订单我们不要了。”这样的话，一齐降价一成就行不通，阿米巴之间就会开始吵架。
还有，销售和生产之间也会产生对立。
在生产制造厂家，生产和销售之间大都采用“买断卖断”的交易方式。销售部门从生产部门购买产品，然后负责卖给客户。这时，销售要尽可能从生产低价购进，然后尽可能高价出售给客户，以便多盈利，就像商社一样。这中间可以凭才能品尝到做生意的美味。
但是，像京瓷这种向客户直销的生产厂家，如果也搞“买断卖断”，销售部门就会想尽办法低价购进，而生产部门就会想尽办法高价卖出。销售部门和生产部门之间会发生激烈的厉害对立，公司整体可能疲软无力。
为了避免销售部门和生产部门之间的对立，当时，在国内的销售部门，只要拿到订单，有销售，就可以自动获得10%的手续费，就是采取所谓的佣金制度。采取这种形式，销售部门虽然不能光凭自己的才能赚到钱了，但得到的补偿却只有销售额，就能获得10%的手续费。这样，因“买断卖断”而争吵的现象消失了。
采用这种形式，不管产品价格如何下跌，销售部门都能获得10%的佣金，所以销售部门往往很轻率地接受客户的降价要求。而对于生产制造部门而言，成本要压缩10%谈何容易，弄不好就会亏损。但销售部门却轻易答应客户的降价要求。这样，生产与销售又产生利害对立，吵架的事又断发生。
另外，海外的当地法人与日本的总公司之间也会产生对立。
特别是发生质量投诉和交货期问题时，在美国的销售部门与日本国内的生产部门很快就会吵起来。美国的销售部门认为自己的业绩不佳是因为日本的生产部门有问题，因为大为光火。当时联系手段靠电传。抗议的电文接二连三传到日本。
本来，当发生客户投诉、有可能失去客户信任的时候，在日本的生产部门和在美国的销售部门更应该团结一致，努力克服这种危机。然而，实际上恰恰相反，碰到危机反而出现内讧，而且这种不和、内斗还辗转传到客户那里。
在美国的销售人员，因交货不及时多次收到客户训斥时，他们就会在客户面前毫无顾忌地说：“这都是因为京瓷的日本生产部门不负责任。我已多次向生产部门发出了电传，他们一点也不守信用。”为了自己个人的面子，销售人员居然在客户面前谴责自己公司的生产部门。这样做，京瓷公司整体就会丧失信用，可能再也得不到这些客户的订单。明知会产生这样的后果，仅仅为了自己一时的颜面，销售人员竟然会说这种话。
这种对立，都是“利己主义”产生的结果。
在“阿米巴经营”中，把公司分成了许多小组织，分别独立核算、独立经营。让自己的部门尽可能多盈利，这种意识很容易强起来，因而引发部门之间的争执，破坏公司整体的协调和谐。
按理说，各个部门在拼命努力维护和发展自己本部门的同时，也必须竭尽全力全力做到让公司整体利益最大化，即所谓的个体与整体的协调平衡。但现实是往往实现了个体的利益，却损害了整体的利益。
