公众号的第一篇文章要来了，哈哈O(∩_∩)O，有点小激动(●'◡'●)
想了想就以最近在优化WES SNV分析流程时看到的一个流程化工具的使用开题吧
fastq2vcf网址：
https://sourceforge.net/p/fastq2vcf/code/ci/master/tree/MANUAL.txt
大家有在做这一方面的数据分析的可以去看看学习下，这个工具整体来说还是比较简单上手的
工具下载、安装整个流程如下:
step1：下载
step2：unzip解压
step3：修改config.ini文件
将PATHS中软件和数据库文件的路径更换成自己的即可
修改dataTable.txt文件
step4：运行代码
perlfastq2vcf_v15.pl -d dataTable.txt -c config.ini -o ./
测试报错
原因：缺少Config::Abstract::Ini模块，无法解析config.ini文件
解决方法：
perl模块安装：
perl-MCPAN -e'apt-get install Config::Abstract::Ini'
（https://metacpan.org/pod/Config::Abstract::Ini）
继续运行
perlfastq2vcf_v15.pl -d dataTable.txt -c config.ini -o ./
文件夹下多出以下框框内的文件
step5：按照官网操作步骤运行sh脚本即可
nohup sh QC_Mapping_sample1_HG003_SRR2962692.sh &
nohup sh PreCalling_sample1.sh &
nohup sh variant.HaplotypeCaller.sh
nohup sh variant.samtools.sh &
nohup sh variant.SNVer.sh &
nohup sh variant.UnifiedGenotyper.sh &
nohup shvariant.summary.sh &
详见官网说明书
https://sourceforge.net/p/fastq2vcf/code/ci/master/tree/MANUAL.txt
