尼尔斯是一个调皮捣蛋，淘气叛逆的孩子，他欺负动物，不爱学习。有一次，爸爸妈妈让他自己在家里学习，可他还未学进一个字就睡着了，等他醒来后，他发现了一个小精灵，于是他调皮捣蛋的毛病又犯了，他抓住了小精灵。他不信守诺言，放了小精灵又抓住了它，于是小精灵将他也变成了小精灵。
变成小精灵的尼尔斯及其不受动物门的待见，院子里没有一个动物愿意帮助他，这时，天空中飞过的大雁让雄鹅莫顿动了心，尼尔斯不想让雄鹅莫顿飞走，于是他抱住了莫顿的脖子，跟着莫顿一起飞走了。起初，尼尔斯不受大雁们的信任，大雁们认为他们不应该与人类作伴飞行，可尼尔斯从狐狸斯密尔的口中就出了一只大雁，赢得了大雁门的信任，在此之后，他与莫顿达成协议，他陪莫顿旅行，莫顿就把他送回家。旅行期间，尼尔斯结识了渡鸦，白鹤等朋友，帮助了萨米人，小灰雁等动物和朋友。
尼尔斯也遇到了许多敌人，比如在一开始遇到的狐狸斯密尔，黑旋风，但尼尔斯将他们的诡计一一破解，并且拯救了许多动物和人，和莫顿成为了最好的朋友，在此期间，尼尔斯从调皮捣蛋，淘气叛逆的孩子，变为了一个聪明善良，爱护动物的少年，他不计前嫌，甚至愿意帮一个自己的死对头，他放弃了三次变成人的机会，从为自己，到为他人，一次旅行，彻底改变了尼尔斯。
