linux学习小记

df -h 查看电脑配置
history 查看操作历史
ls 列出当前文件夹中的文件
cd change directory 改变路径
w显示目前登入系统的用户信息
free -g 看内存还有多少 -g 以GB形式查看 -m MB -k KB
cd - 路径改变路径直接cd 到工作路径吧
cd - 回到上一级目录
cd ~回到个人目录下
cd ../ 回到上层目录
exit 退出当前电脑
top 实时动态查看系统整体运行情况

注意：此处需要用`ctrl+C`退出top命令

sleep 10 睡眠10秒所发出命令 10s后才会响应
& 任务在后台运行
which ls 查看ls这个命令来自哪里
ps -ef 标准形式显示进程简单来说就是电脑的 任务管理器
ifconfig看IP地址
pwd 目前所在的工作目录的绝对路径名称

重要三命令 ls pwd cd
mkdir 创建文件夹
touch 创建新的空文件
echo 内容打印到屏幕上
tree -h 以树状结构展示文件夹以及其内容

image.png

mkdir foloder {1..10} 创建10个文件夹
mkdir -p tmp 如果存在，不创建，如果tmp不存在，就创建tmp文件夹 -p还能一键创建俩文件夹

linux中所有文件都在/下边，路径一定要打/.

ls /tmp/ 该文件夹是大家共有的
cp ~/某文件 ./ copy 复制某文件到某个路径从哪到哪需要俩路径
cat > 文件 向文件中写入内容
cat 文件 查看文件内容

rm -rf 文件名 删除文件

如何查看命令作用

man 命令 查看命令及其对应参数的作用
wget 网址 下载数据
看一下字节行数、字数
wc test.bed

image.png

head 查看前10行
head -1 文件名 看第一行
more 文件名 慢慢查看文件内容
less -S 可以有规律的可视化内容折叠比较长的行

image.png

less -SN 标记行数 Nnumber

grep 要匹配的文字目标匹配的文件 从文件中匹配文字

image.png

| 管道符号
cat -n test.bed | grep 文本内容文本文件

列数怎么计算？

cut -f 1 test.bed

image.png

tr 将一组字符替换为另一组 text replace

image.png

三要素命令参数文件

sort 命令

image.png

-k2 按照第2列排序 2nr 按照第二列数字 reverse排列。
ll命令
”ls -l --color=auto“的别名而已。ll命令可以默认列出当前目录内文件的详细属性信息，包含权限、所属、修改时间以及容量占用大小等等信息。
原文链接：https://www.linuxcool.com/ll

linux 下载与软件上传

从软件官网下载到本地
通过Xftp上传到远程服务器（wget下载网速慢）
根据对应软件压缩解压方式，采用相应命令解压文件 tar 文件用untar tar.bz 文件用tar xvfj解压然后make一下

x解压 v 提示信息 j 对应bz结尾的压缩文件

cd到相应文件夹，ls 看可执行文件
5.调用软件

让软件界面稍微好看的代码 PS1="\[e[32;1m\]\u \[\e[33;1m\]\t \[\e[35;1m]\w \n\[\e[0;40m\]$"

调用软件的方法

设置变量
bowtie2=软件路径 then使用的时候用 $bowtie2
使用alias bowtie2=软件路径, 然后 bowtie2 等于建立一个快捷方式
环境变量 echo $PATH , export PATH='$PATH:~/biosoft/bowtie2/bowtie2-2.5.1-linux-x86_64/'

追加环境变量 cat >> ~/.bashrc 然后source 该命令使得追加内容永久生效

vi ~/.bashrc 进入环境变量界面 i 可编辑退出用 ESC:wq
bash tmp.sh#运行脚本

安装anoconda 及镜像频道配置

这四句代码实现镜像频道配置
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/ 
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/ 
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/ 
conda config --set show_channel_urls yes

cat ~/.condarc 查看配置过的镜像频道
查看已经安装的镜像频道 ----两种方法

image.png

创建独立环境（参考生信技能树）

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删除重命名小环境

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安装指定版本的fastqc

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同时安装多个软件

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conda list 可以查看安装的包， conda list fast* 查看符合正则表达式的软件 conda list -n rnaseq 查看指定环境中的包

软件删除

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软件版本改变更新

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在环境中安装的软件仅在环境中可以调用。

当遇到软件安装失败，可以考虑用mamba

安装过程：1. 激活base环境 conda activate base

安装mamba conda install mamba

注意：装在base环境中的包在其他环境中可正常调用，不需要重复安装

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查看依赖关系

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版本控制与迁移（参考生信技能树）

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软件本地安装

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小技巧

备份~/.bashrc
cp ~/.bashrc ~/.bashrc_bak
在~/.bashrc中写入
echo "alias rna='conda activate rnaseq'" >> ~/.bashrc
echo "alias deact ='conda deactivate'" >> ~/.bashrc
重新加载一下 ~/.bashrc
source ~/.bashrc
tips: ~/.bashrc 文件很重要，最好先备份一下。