前言
生物信息分析人员一般会接触到从NCBI等网站下载的SRA数据，之前也介绍了下载SRA数据的几种方式。下面，我就简单介绍一下如何将下载的sra格式数据转换成为常用的fastq等格式。
方法
1、NCBI sratoolkit 工具的fastq-dump命令
1）下载sratoolkit
$ wget -c https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.8.2/sratoolkit.2.8.2-centos_linux64.tar.gz
2）解压缩
$ tar xzvf sratoolkit.2.8.2-centos_linux64.tar.gz
3）添加环境变量
$ echo "export PATH=$PATH:/Software/sratoolkit.2.8.2-centos_linux64/bin" >> ~/.bash_profile
$ source ~/.bash_profile
4）格式转换
单端测序：
$ fastq-dump SRR029945.sra -O ./ （结果生成：SRR029945.fastq）
$ fastq-dump --fasta SRR029945.sra -O ./ （结果生成：SRR029945.fasta）
双端测序：
$ fastq-dump SRR2090164.sra --split-3 -O ./ （结果生成：SRR2090164_1.fastq，SRR2090164_2.fastq）
$ fastq-dump SRR2090164.sra --split-3 --gzip -O ./ （结果生成：SRR2090164_1.fastq.gz， SRR2090164_2.fastq.gz）
2、pfastq-dump 让转换速度提升数倍
1）下载pfastq-dump
$ git clone https://github.com/inutano/pfastq-dump
$ cd pfastq-dump/bin/
$ chmod a+x pfastq-dump
$ cp pfastq-dump /Software/sratoolkit.2.8.2-centos_linux64/bin
2）转换格式
单端测序：
$ pfastq-dump SRR029945.sra -O . -t 8 (8线程)
双端测序：
$ pfastq-dump SRR2090164.sra --split-3 --gzip -O ./ -t 8 (8线程)
你将会体会到飞一样的速度~
结语
更多相关博文，可阅读：
hoptop：Fastq-dump: 一个神奇的软件
inutano：parallel-fastq-dump implementation in bash script
