除了misa 可以试试 其他的，krait图形界面，更简便些,且有之后关于不同ssr位点的数据统计，且可在软件里直接进行引物设计，更适合基因组这种较大数据序列的ssr位点查找
misa的话，其产生的数据统计较简单，且有引物设计较麻烦。

krait 结果更有可读性，不需要自己投入太多精力去统计位点分布情况，软件会自动生成，且设计引物也比较方便

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图片引用自

Lianming Du, Chi Zhang, Qin Liu, Xiuyue Zhang, Bisong Yue, Krait: an ultrafast tool for genome-wide survey of microsatellites and primer design, Bioinformatics, Volume 34, Issue 4, 15 February 2018, Pages 681–683, https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btx665