除了misa 可以试试 其他的,krait图形界面,更简便些,且有之后关于不同ssr位点的数据统计,且可在软件里直接进行引物设计,更适合基因组这种较大数据序列的ssr位点查找
misa的话,其产生的数据统计较简单,且有引物设计较麻烦。
krait 结果更有可读性,不需要自己投入太多精力去统计位点分布情况,软件会自动生成,且设计引物也比较方便
图片引用自
Lianming Du, Chi Zhang, Qin Liu, Xiuyue Zhang, Bisong Yue, Krait: an ultrafast tool for genome-wide survey of microsatellites and primer design, Bioinformatics, Volume 34, Issue 4, 15 February 2018, Pages 681–683, https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btx665