Linux如何安装软件
在linux系统中同样是需要安装一些列的软件来完成我们的需求。
首先我们使用miniconda作为我们的应用商店。
如何下载miniconda
我们借助清华的镜像网站来下载miniconda3
首先要知道自己的linux系统是什么版本的：uname -a
然后复制下载链接如：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
在PuTTY中进入biosoft目录中：cd biosoft
wget 接复制链接（在linux中复制是左键，粘贴是右键）
然后就下载了这个安装版到biosoft目录中了
如何安装miniconda
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh然后开始安装，中间按提示完成操作，如按Enter，或输入yes。
如果提示thank you for installing miniconda3，则说明安装成功。
安装后需要输入source ~/.bashrc来激活conda
然后执行conda，会显示相应信息。
这里可以参考演示视频
链接：https://share.weiyun.com/5J82l9g 密码：iwcd4k
如何下载软件
需要添加镜像
使用清华镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
复制粘贴以上代码即可。
下面是一些基本操作命令（以下载fastqc为例）
conda list:查看当前所有软件列表
conda search fastqc:搜索软件
conda install fastqc -y：自动安装软件
conda remove fastqc -y:卸载软件
conda 环境
我们可以按照自己不同的需求，建立不同的conda环境，这样方便我们的使用。
conda info --envs:查看当前conda有哪些环境
conda creat -n rna-seq python=3 trimmomatic:建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic。创建完环境后同样需要激活：activate conda rna-seq
输入软件名如fastqc会显示该软件的信息，表明可以使用。
最后，上今天的思维导图
