boot项目中，进行了如下配置，并且实体类也加上了@TableLogic注解，逻辑删除无效，删除方法仍是物理删除。

mybatis-plus:
  global-config:
    db-config:
      logic-delete-value: 1 # 逻辑已删除值(默认为 1)
      logic-not-delete-value: 0 # 逻辑未删除值(默认为 0)

@TableLogic
private Integer deleted;

需要在mybatis配置中加入逻辑删除注入，之后逻辑删除生效，不再是物理删除。

@Configuration
public class MyBatisPlusConfiguration {
 
    @Bean
    public ISqlInjector sqlInjector() {
        return new LogicSqlInjector();
    }
}

貌似这个坑只会在3.1版本以下会出现，目前本人使用3.0.6会出现这个坑。