GO、KEGG、GSVA、GSEA | 多种富集方法该如何选择

我个人看法，不一定对哈，首先，GSEA和GSVA不是一回事，不能放在一起说。

  1. GSVA主要是通过感兴趣的基因集来划分样本，有样本基因表达谱和一个感兴趣的基因集的情况下选GSVA

  2. 而GSEA是已知两组样本差异，看差异基因上下调关系与通路的富集关系，提供正负相关方向性

  3. 同时再来讲KEGG、GO和GSEA：在有logFC的情况下，选GSEA，无logFC选GO和KEGG。因为KEGG和GO是分析不出来是上调基因富集还是下调基因富集，而GSEA能够利用的信息（logFC）更多，结果提供的信息也更多

  4. 需要绘制KEGGpathwayview的话也可以用KEGG分析

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