1.在Uniprot上下载T1r1(mouse)基因的蛋白编码序列
进入Uniprot,搜索T1r1(mouse)
点击Q99PG6
点击sequence
点击NM,查找mRNA序列
点击CDS,序列被棕色标记,点击FASTA,下载
2.用下载的T1r1蛋白编码序列作为Query通过在线BLAST找到相似度最高的CDS序列并下载
进入NCBI,选择BLAST,
选择相似度最高的CDS序列下载
点击Sequence ID :NM 031867.2 链接到Sbjct所在的序列,105 to 2633 是Sbjct的位置
点击Range 1:105 to 2633 GenBank 链接到Sbjct的信息
本例的Sbjct是一个序列中的某个片段
3.将下载的CDS序列通过UCSC网站上的BLAT程序比对到mouse的基因组序列,得到该基因处于基因组中的位置以及外显子信息
进入UCSC,选择BLAT,粘贴CDS序列,Submit
即可看到序列起点与终点在染色体上的位置
点击browser,显示比对结果
点击details,蓝色为外显子的起始与结束
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