在Uniprot上下载T1r1(mouse)基因的蛋白编码序列

1.在Uniprot上下载T1r1(mouse)基因的蛋白编码序列

进入Uniprot,搜索T1r1(mouse)


点击Q99PG6


点击sequence


NP 是蛋白质氨基酸序列

点击NM,查找mRNA序列


点击CDS,序列被棕色标记,点击FASTA,下载



可以直接复制

2.用下载的T1r1蛋白编码序列作为Query通过在线BLAST找到相似度最高的CDS序列并下载

进入NCBI,选择BLAST,



为什么不设置参数,因为我不会

选择相似度最高的CDS序列下载




BLAST 得到的Sbjct可能是一个序列也可能是一个序列中的某个片段

点击Sequence ID :NM 031867.2    链接到Sbjct所在的序列,105 to 2633 是Sbjct的位置   

点击Range 1:105 to 2633 GenBank    链接到Sbjct的信息

本例的Sbjct是一个序列中的某个片段


3.将下载的CDS序列通过UCSC网站上的BLAT程序比对到mouse的基因组序列,得到该基因处于基因组中的位置以及外显子信息

进入UCSC,选择BLAT,粘贴CDS序列,Submit


即可看到序列起点与终点在染色体上的位置


点击browser,显示比对结果

点击details,蓝色为外显子的起始与结束


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