2019-09-29 DAY-7 测序知识 孤傲的小笼包

测序历史

文章-《测序的世界》


三代技术对比.png

测序数据格式

1. Fastq和Fasta格式


Fasta格式的数据

Fastq文件→Fasta文件

Linux命令
法1：sed '/^@/!d;s//>/;N' your.fastq > your.fasta
法2：seqtk seq -A input.fastq > output.fasta

FASTX-Toolkit工具

一款用于处理Short-Reads FASTA/FASTQ文件的程序，里面包含了丰富的Fasta/Fastq文件格式转换、统计等命令。

2.GenBank 和 EMBL



GenBank & EMBL数据库格式的对比

EMBL → Fasta格式转换（在线工具）

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