grep,sed,awk

sed基本用法：

sed: stream editor的简写  行编辑器（另一类是全屏编辑器：vi）

sed:模式空间

默认不编辑原文件，仅对模式空间中的数据做处理；而后，处理结束后，将模式空间打印到屏幕；

sed [options] 'AddressCommand' file ... （对file等文件中符合Address地址的内容进行Command命令，中间没有空格或，）

Address:

1.StartLine,EndLine  比如1，100

$:最后一行

2./RegExp/(正则表达式）

   /^root/ 意为找到所有以root起始的行

3./pattern1/,/pattern2/ 意为这个文件中从第一次匹配到pattern1的行到第一次匹配到pattern2的行中间的所有行

4.LineNumber   指定的行

5.StartLIine,+N

从startline开始及向后的N行，一共是N+1行

Command:

d：删除符合条件的行：

p：显示符合条件的行；

a：  a \string:在指定的行后面追加新行，内容为string

    \n:可以用于换行

i：    i \string：在指定的行前面添加新行，内容为string

r FILE：将指定的文件的内容添加至符合条件的行处

w FILE：将地址指定范围内的行（address匹配的内容）另存至指定的文件中

s /pattern/string/修饰符: 查找并替换，默认只替换每行中第一次被模式匹配到的字符串（字符串仅仅是字符串，不符合正则表达式）

        加修饰符

        g:全局替换

        i:查找时忽略字符大小写

s///:s###,s@@@都可以做分隔符，可以避免你查找的pattern里有相同的分隔符

！！注：！！例：删除文本每行后的回车符：

sed -i 's/^M//' FILENAME

一件需要注意的重要的事情是，请不要输入你看到的字符。你必须按下 Ctrl+V 后跟 Ctrl+M 来输入 ^M

&：引用模式匹配到的整个字符串（可放在string中）

options:

-n:静默模式，不再默认显示模式空间中的内容

-i：直接修改原文件

-e SCRIPT -e SCRIPT:可以同时执行多个脚本

-f /PATH/TO/SED_SCRIPT FILE 意思是SCRIPT文件中都是脚本，将这些脚本一个一个用于FILE文件中

-r：表示使用扩展正则表达式

sed 's#^[[:space:]]+##g' (意思是删除行首的空格，至少1个空格）

删除某文件某行的“." :  sed '384721,384721s/R.G/RG/g' Niben261_genome_protein.fasta > Niben261_genome_protein.fasta (把384721行到384721行的“R.G"换成”RG"，新文件输出到某某某）