Multiqc安装和使用

0.Multiqc简介

Fastqc是一款基于java的软件，能够对测序数据的质量进行评估。一个样本生成一个报告，当样本量过多时，逐一查看样本质量就稍显不方便，而Multiqc是一个基于Python的模块, 用于整合其它软件的报告的软件，能将fastqc生成的多个报告整合成一个报告的软件，这样能方便的查看所有测序数据的质量。

1.multiqc的安装

在conda环境中输入命令conda install multiqc进行安装（安装失败的话尝试指定安装源）

下面是需要安装的依赖包

输入y开始下载

指定下载源的命令

conda install multiqc -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda

2.multiqc登场之前

使用multiqc之前的工作：

2.1 从SRA数据库下载数据

下载数据（需要先安装SRA-toolkit）

prefetch SRR8073294
prefetch SRR8073207

下载成功后会显示...was downloaded successfully
SRA数据库简介 https://www.jianshu.com/p/4a32bf4c0eef

2.2 SRA文件解压成fastq格式

fastq-dump --gzip --split-files  SRR8073294.sra
fastq-dump --gzip --split-files  SRR8073207.sra

2.3 用fastq进行数据质量评价

mkdir ./fastqc_result
fastqc SRR8073207_1.fastq.gz -o ./fastqc_result/
fastqc SRR8073207_2.fastq.gz -o ./fastqc_result/
fastqc SRR8073294_1.fastq.gz -o ./fastqc_result/
fastqc SRR8073294_2.fastq.gz -o ./fastqc_result/

得到4组结果

(python2) username@servername:~/fastqc_result$ ls
SRR8073207_1_fastqc.html  SRR8073207_2_fastqc.zip   SRR8073294_2_fastqc.html
SRR8073207_1_fastqc.zip   SRR8073294_1_fastqc.html  SRR8073294_2_fastqc.zip
SRR8073207_2_fastqc.html  SRR8073294_1_fastqc.zip

3. multiqc整合多个质控结果

multiqc的使用方法和命令参数如下：

Usage: multiqc [OPTIONS] <analysis directory>

Options:
  -f, --force                     Overwrite any existing reports
                                    ## 重写已存在的报告
  -s, --fullnames                 Do not clean the sample names (leave as full
                                  file name) ## 保留样本名称

  -i, --title TEXT                Report title. Printed as page header, used
                                  for filename if not otherwise specified. 
                                    ## 指定报告标题
  -o, --outdir TEXT               Create report in the specified output
                                  directory. ## 指定报告输出路径
  -z, --zip-data-dir              Compress the data directory. ## 压缩数据目录
  -p, --export                    Export plots as static images in addition to
                                  the report  ## 将报告中的图导出为静态图

  -fp, --flat                     Use only flat plots (static images) 
                                     ## 只使用平面图（静态图）
  -ip, --interactive              Use only interactive plots (HighCharts
                                  Javascript) ## 动图
  --pdf                           Creates PDF report with 'simple' template.
                                  Requires Pandoc to be installed.
                                  ## 输出PDF格式的报告（需要安装Pandoc）

执行以下命令：

multiqc ./fastqc_result/ -o ./fastqc_result/

结果如下：

...
[INFO   ]          fastqc : Found 4 reports
[INFO   ]         multiqc : Compressing plot data
[INFO   ]         multiqc : Report      : multiqc_report.html
[INFO   ]         multiqc : Data        : multiqc_data
[INFO   ]         multiqc : MultiQC complete
(python2) username@servername:~/fastqc_result$ ls
multiqc_data              SRR8073207_2_fastqc.html  SRR8073294_2_fastqc.html
multiqc_report.html       SRR8073207_2_fastqc.zip   SRR8073294_2_fastqc.zip
SRR8073207_1_fastqc.html  SRR8073294_1_fastqc.html
SRR8073207_1_fastqc.zip   SRR8073294_1_fastqc.zip

生成了两个文件，1个html报告和1个multiqc_data的文件夹，前者直接网页打开就可以查看，后者包含一些数据基本的统计信息和日志文档，html报告可直接用浏览器打开

用浏览器打开html文件

Multiqc报告的解读见该文章
https://www.jianshu.com/p/85da4dcc6020