在第116、117章罗辑和大史的对话中，推导出了全书最核心的黑暗森林理论。过程很精彩，但细想是有问题的。
黑暗森林是在四个前提下逐步推导出来的:两个公理和两个概念（猜疑链和技术爆炸），得出了“暴露的文明就开枪消灭之”的结论。如果黑暗森林理论是对的，那就是说四个前提必须对，而且推理过程合情合理。对于两个公理，无从辩驳，另外两个前提我认为是有问题的。
先说第一个猜疑链。它说的是两个文明之间的相互不信任，善意恶意无从知晓，对方会采取什么行动不明。而且不同文明之间存在着巨大的生物学差异和文化差异，加上遥远的距离，导致交流障碍重重且风险极高，更让这种不信任坚不可摧。看似无懈可击，实则不然。我们拿一个银河系级高等文明举例，其技术达到视银河系为银河村的水平。在它的扩张过程中，会去探索和开发其他星球，那些被探索的星球对于这个文明来说就像点亮的灯塔，变成了黑暗森林里明亮的区域，明亮区域越来越大黑暗区域则越来越小。假如扩张时发现其他文明，比如说在太阳系发现了地球文明，他们完全可以根据太阳系里的情况大致了解地球文明的水平，从而进入地球探索，这就冲破了因距离限制而导致的不了解，切断了长长的猜疑链条。
再说第二点，技术爆炸。它说的是一个较稚嫩的文明可以通过技术爆炸式发展，短时间超越较成熟文明，从而对成熟文明的生存构成实力上的威胁。而且若是两文明交流，会触发这种爆炸式发展。因此，直接毁灭是唯一的选择。这个推论的问题更明显，原因有二: 第一，毁灭被你发现的较稚嫩文明是无利的，若是像歌者文明那样发射二向箔，让空间无止境二维化是损人损己的行为；第二，毁灭并非唯一选择，书中三体向地球发射智子实行技术封锁，人类没有可以通过技术爆炸超越三体的可能，也就是说技术爆炸是可以被扼杀的。
最后是论证存在问题。结论“暴露就开枪消灭之”蕴含了一个隐藏的前提，那就是“开枪了就一定能消灭掉”，因为不消灭掉就暴露了自己的存在，无论是强暴露还是弱暴露，总归是暴露了。矛和盾向来共存，如果消灭的对象是一个比自己高许多的文明，且有防御系统，那不等于自取灭亡。
基于这三点，我认为黑暗森林理论是不成立的。
