使用conda安装hicexplorer时经常会报错，下面介绍mamba安装方法；同时，hicPlotMatrix绘制的热图没有添加染色体边界，并且图例太大，下面介绍了源代码修改方法，优化互作热图。
优化前后HiC互作热图
HiCExplorer软件安装
下面软件安装过程是基于centos7操作系统，并且电脑是可以直接联网的，在正式开始前请安装miniconda。该软件安装分为两步：
第一步，下载HiCExplorer源代码，这一步非常容易，只需要将文件下载下来就可以了。其作为执行脚本不会进行实际计算，而是直接调用hicexplorer模块完成实际操作。
git clone https://github.com/deeptools/HiCExplorer.git
wget https://github.com/deeptools/HiCExplorer/archive/1.5.12.tar.gz && tar -xzvf 1.5.12.tar.gz
第二步，在python中安装hicexplorer模块。
. /data/software/miniconda3/bin/activate #激活conda基础环境
conda create -p /data/software/miniconda3/envs/hicexplorer python=3.10 #使用python3.10创建hicexplorer环境
conda activate hicexplorer #进入hicexplorer环境
conda install -c conda-forge mamba #在hicexplorer环境中安装mamba软件
mamba install hicexplorer -c bioconda -c conda-forge #安装hicexplorer-（gihub提供mamba可以更好解决包依赖的问题），（mamba create --name hicexplorer hicexplorer=3.7.2 -c bioconda -c conda-forge）
python && import hicexplorer #测试导入hicexplorer模块
修改hicPlotMatrix
执行hicPlotMatrix时，内部直接调用的是“hicPlotMatrix.py”脚本，具体路径和环境目录相关，在互作热图中添加染色体的边界虚线。
修改的是plotHeatmap函数，代码位置在277行左右
修改图例（colorbar）的大小和位置，在hicPlotMatrix.py脚本开头添加：
from mpl_toolkits.axes_grid1.inset_locator import inset_axes
修改的代码位于hicPlotMatrix.py中300行左右的位置
需要修改和添加内容如下：
- 添加“cax.set_axis_off()”将遗留的图例坐标轴去掉；
- 添加“icax = inset_axes(cax, width='100%', height='40%', loc='upper left', borderpad=0.3)”，将图例高度缩小原来的40%，位置放到上方；
- 将else中的语句中的cax修改为icax，同时将cbar赋值语句中的cax=icax；
修改后，单条染色体绘制效果图（--perChromosome）
修改后，所有染色体绘制效果图
最终绘制基因组水平的互作热图代码如下：
/data/software/miniconda3/envs/hicexplorer/bin/python
/path/HiCExplorer-3.7.2/bin/hicPlotMatrix
--title ""
--matrix ABC_matrix.h5
--outFileName ABC.heatmap.pdf
--colorMap YlOrRd
--clearMaskedBins
--dpi 2000
--log1p
--chromosomeOrder Chr01 Chr02 Chr03 Chr04 Chr05 Chr06 Chr07 Chr08 Chr09 Chr10 Chr11
--rotationX 45
