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单细胞核和单细胞悬液转录组联合生信文章，赶快GET
单细胞研究中难免会遇到这样的问题：有些细胞不适合制备单细胞悬液，如肝实质细胞、成年神经细胞、脂肪细胞等，也有一些细胞类型不适合提核检测，尤其是免疫细胞，那可不可以将两者联合起来更全面的解析组织异质性呢？这篇文章就是整合了肝脏单核细胞（snRNA-seq）、单细胞（scRNA-seq）和bulk RNA-seq数据来探究肝细胞癌的细胞类型差异，首先从单细胞水平解析肝脏细胞的类型，发现增殖性Prol细胞在肿瘤细胞中显著富集，然后在TCGA和LCI的数据解卷积，发现8种细胞类型只有Prol显著增加，为了确定该细胞类型对生存预后的临床意义，通过COX回归发现高Prol细胞类型占比与较差的生存结果相关，最后，作者还发现肿瘤抑制基因TP53和RB1的体细胞突变与肝细胞癌中Prol细胞类型的增加有关。为深入了解肝细胞癌相互依赖的生物学机制提供依据。
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军事医学研究院王常勇课题组与清华大学医学院那洁课题组绘制人多谱系心脏类器官单细胞图谱
类器官培养结合组织工程给器官移植带来了希望，但对不同类型细胞在形成类器官过程中如何相互作用以及它们的状态和命运变化所知甚少，限制了心脏类器官在再生医学和药物研发中的应用。该研究从单细胞水平揭示了多谱系细胞形成心脏类器官过程中的细胞命运转变及潜在的基因调控机制，通过比较单层分化的2D-CM、仅由CM构成的MCO-CM和由CM、EC、SMC构成的MCO-Mix，发现3D微环境能促进心肌成熟，多种类型细胞混合互作后能产生新的细胞类型——DLK1+成纤维细胞，并在心肌梗死的大鼠心脏中有效逆转病理重塑和改善心脏功能，具备潜在的免疫调控和组织修复功能。这些发现为进一步优化hiPSC衍生的心脏类器官构建和心脏修复提供了新的线索。
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PD患者的福音：新型分子标记物实现可预测的帕金森病细胞治疗结果
中国科学院脑科学与智能技术卓越创新中心（神经科学研究所）、灵长类神经生物学重点实验室、上海脑科学与类脑研究中心陈跃军研究组在期刊The Journal of Clinical Investigation上发表了研究成果，课题组通过重建人中脑多巴胺能神经细胞的分化轨迹，发现了代表早期或晚期多巴胺能神经祖细胞的特异性表面蛋白分子，CLSTN2和PTPRO，同时研究者建立了一种获得高度纯化的供体细胞的方法，分选该特征的神经祖细胞进行移植，可产生高度富集的中脑多巴胺能神经元，比例可高达80%，其中大部分（约90%）的多巴胺能神经元为黑质中脑多巴胺能神经元亚型——PD患者脑内主要缺失的多巴胺能神经元亚型，并且分选的细胞具备高治疗效力。这一研究为实现更有效更安全的帕金森病细胞替代疗法迈出了重要的一步。
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单核转录组助力发现感染引起的发热机制
发烧时人体为什么会发冷和没食欲？到底是谁引起的呢？这篇文章有答案，该研究者通过对细菌和病毒感染小鼠模型进行研究，发现下丘脑腹侧内侧视前区VMPO中存在VMPOLPS神经元群体，在脂多糖或聚肌胞的诱导下激活，然后作者们通过单细胞核RNA测序对这些神经元以及局部非神经元群体进行了详细地刻画及深入分析，发现炎症相关的分子可以调控VMPOLPS神经元的激活，因此推测感染引起的炎症信号可能以小胶质为中间体进行了放大，进而激活VMPOLPS神经元，导致机体出现发热，也通过动物实验进一步揭示了VMPOLPS神经元作为控制枢纽，集成免疫信号、协调多种疾病症状以应对感染的生理基础。
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Science综述：三级淋巴结构在肿瘤进展中“是敌是友”？
三级淋巴结构（TLSs）是非淋巴组织中形成的免疫细胞的有组织聚集体，在不同生理及病理条件下均可能出现，其结构一般为被CD3+T细胞包围的CD20+B细胞，类似于次级淋巴器官，肿瘤中的TLS与免疫治疗的预后和临床结局密切相关，这篇综述详细讨论了目前对于TLSs在癌症中作用的了解，具体包括：1）TLSs形成的驱动因素；2）TLSs对抗肿瘤免疫反应的功能和贡献，以及3）TLSs在人类癌症中作为治疗靶点的潜力。更详细地了解TLS功能及其在自身免疫毒性中的潜在作用将有助于了解其作为治疗靶点的价值。
参考文献：
[1] Alvarez M, Benhammou JN, Darci-Maher N, French SW, Han SB, Sinsheimer JS, Agopian VG, Pisegna JR, Pajukanta P. Human liver single nucleus and single cell RNA sequencing identify a hepatocellular carcinoma-associated cell-type affecting survival. Genome Med. 2022 May 17;14(1):50. doi: 10.1186/s13073-022-01055-5. PMID: 35581624; PMCID: PMC9115949.
[2] Fengzhi Zhang, Hui Qiu, Xiaohui Dong, Xiaoyan Zhang, Chunlan Wang, Xin Li, Xingwu Zhang, Jie Na, Jin Zhou, Changyong Wang, Single-cell atlas of multilineage cardiac organoids derived from human induced pluripotent stem cells, Life Medicine, 2022;, lnac002, https://doi.org/10.1093/lifemedi/lnac002
[3] Xu P, He H, Gao Q, Zhou Y, Wu Z, Zhang X, Sun L, Hu G, Guan Q, You Z, Zhang X, Zheng W, Xiong M, Chen Y. Human midbrain dopaminergic neuronal differentiation markers predict cell therapy outcome in a Parkinson's disease model. J Clin Invest. 2022 Jun 14:e156768. doi: 10.1172/JCI156768. Epub ahead of print. PMID: 35700056.
[4] Osterhout JA, Kapoor V, Eichhorn SW, Vaughn E, Moore JD, Liu D, Lee D, DeNardo LA, Luo L, Zhuang X, Dulac C. A preoptic neuronal population controls fever and appetite during sickness. Nature. 2022 Jun 8. doi: 10.1038/s41586-022-04793-z. Epub ahead of print. PMID: 35676482.
[5] Schumacher TN, Thommen DS. Tertiary lymphoid structures in cancer. Science. 2022 Jan 7;375(6576):eabf9419. doi: 10.1126/science.abf9419. Epub 2022 Jan 7. PMID: 34990248.
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