组学大数据分析时代来了，你准备好了吗？
目前，RNAseq，蛋白组学，磷酸化组学等已经成为普通的实验，面对几万基因，几种组学的数据，如何更好的揭示规律，是许多老师面临的困惑。原本以为送公司测序，拿到数据就可以了。可拿到数据才发现，有很多问题。比如面临以下三大问题：
1）拿到数据看不懂。不知道自己关注的表型功能相关的基因是哪些，不知道如何选分子，在众多的差异分子中理不顺其中的内在关系，致使不能很好的使用数据，造成经费浪费；
2）机制分析困难。找到分子之后，需要构建分子机制，分子机制的上下游关系不知如何去确定，查找，不会通过组学等大数据分析精准的锁定想要的机制分子；
3）写文章难。想去写一篇转录组测序的文章，却发现不知如何阐释转录组的含义，只知道摆放普通的热图，火山图，GO/KEGG图，挖掘不出重要的规律，造成文章质量很低。在千篇一律的文章面前挖出更新颖的规律是迫切需求。
我们在与客户交流过程中发现，文献中好的分析思路转变成数据分析图表对大部分老师是极其困难的，为此我们决定教会大家将高水平文章的分析变成自己可用的，B站主页网址：https://space.bilibili.com/380334566
李纪伟，生因生物技术支持，纪伟讲测序的创建者。5年的转录组从业经历，精通数据分析，解决数据分析的各种问题。服务上百个课题组，在与客户探讨转录组数据分析，解决售后问题过程中总结了大量的转录组测序的使用方法，技巧，及图形展示方法等。辅助许多老师发表文章，文末有致谢相关文献。纪伟讲测序团队一直坚持会客户提供多组学个性化的数据分析，根据科研问题寻找分析方法绘图。本次培训由纪伟讲测序团队提供指导。
本次课程我们将解决以下问题：
1）解决4/5分+转录组测序实验文章发表所需要数据分析的问题。转录组测序已经比较普遍，发比较高的分数比较困难，但也是可以的。既然做了测序，既然去写，不如写的更好些。如何通过测序挖掘出新的规律，小李老师主张转录组测序与研究项目其他人发表的相关数据的联合分析，扩大样本量，增加多组学提高分析层次，揭示差异分子、通路或机制的普遍性差异规律。转录组测序探讨机制是比较困难的，但确实是可以的，如果挖掘机制，那么5分以上也是没有问题。
2）学会文章数据分析需要的分析技能。为了找到足够多的数据支持我们的分析，需要学习GEO/TCGA/其他数据库的下载分析使用，需要学习R语言及基本绘图方法。这些基本技能的掌握是需要的，我们看到的教程或者培训给出的分析往往缺乏灵魂。没有灵魂的图表只是堆砌，没有灵魂的数据如何写出让人拍案叫绝的文章。小李老师将手把手的教大家如何用更优美信息量更大的联合图、复杂图、组合图揭示科学问题。
3）学会挖掘出足够的数据。4/5分+的文章需要足够的数据量支撑比如6个大figures，6个附图，小李老师带大家通过多角度的，多纵深的围绕着一个科学问题，做相关数据分析，出图，并提升图表的颜值，达到CNS级别。
课程安排
通过本次课程，您将重新审视转录组实验及大数据分析，提升新高度，掌握一流的数据分析技能，掌握4/5+文章发表的技能。本次数据分析支持零生信基础学习。
注：因时间有限，本次分析暂不涉及lncRNA/circRNA等非编码RNA，在后续课程中讨论。
主讲人参与项目并受到致谢部分展示
1. Gan, X., Zhu, H., Jiang, X. et al. CircMUC16 promotes autophagy of epithelial ovarian cancer via interaction with ATG13 and miR-199a. Mol Cancer 19, 45 (2020). （IF: 15.302）
2. Zhou C., Zhang D., Du W., et al. Substrate mechanics dictate cell-cell communication by gap junctions in stem cells from human apical papilla. Acta Biomaterialia, 2020, 107:178-193.
3. Yan, P., Tang, L., Liu, L., Tu, G."Identification of candidate RNA signatures in triplenegative breast cancer by the construction of a competing endogenous RNA network with integrative analyses of Gene Expression Omnibus and The Cancer Genome Atlas data". Oncology Letters 19.3 (2020): 1915-1927.
4. Usman, B.; Nawaz, G.; Zhao, N.; Liu, Y.; Li, R. Generation of High Yielding and Fragrant Rice (Oryza sativa L.) Lines by CRISPR/Cas9 Targeted Mutagenesis of Three Homoeologs of Cytochrome P450 Gene Family and OsBADH2 and Transcriptome and Proteome Profiling of Revealed Changes Triggered by Mutations. Plants 2020, 9, 788.
5. Usman, B.; Nawaz, G.; Zhao, N.; Liao, S.; Liu, Y.; Li, R. Precise Editing of the OsPYL9 Gene by RNA-Guided Cas9 Nuclease Confers Enhanced Drought Tolerance and Grain Yield in Rice (Oryza sativa L.) by Regulating Circadian Rhythm and Abiotic Stress Responsive Proteins. Int. J. Mol. Sci. 2020, 21, 7854.
6. Yu Q , Xu Y , Zhuang H , et al. Aberrant activation of RPB1 is critical for cell overgrowth in acute myeloid leukemia. Experimental Cell Research, 2019, 384(2):111653-.
7. Lu, J., Yang, J., Zheng, Y. et al. Extracellular vesicles from endothelial progenitor cells prevent steroid-induced osteoporosis by suppressing the ferroptotic pathway in mouse osteoblasts based on bioinformatics evidence. Sci Rep 9, 16130 (2019).
8. Li D, Wang J, Zhang M, Hu X, She J, Qiu X, Zhang X, Xu L, Liu Y, Qin S, LncRNA MAGI2-AS3, regulated by BRD4, is an independent prognostic marker and promotes gastric cancer progression via maintaining ZEB1 overexpression., Molecular Therapy: Nucleic Acid (2019)
部分图展示
基因与功能关联互作图
全谱基因展示关联通路和重要基因
不同数据不同组学基因表达关联及功能共性特性比较
多组趋势分析及基因功能关联
不同数据集机制网络关联
数据质控图
差异分子展示组合图
留言关注更多内容！
