第三代教父迈克已经认识到自己老了，打算摆脱黑手党的纠缠，让家族的生意合法化，远离杀戮和犯罪。为此，他卖掉了赌博产业，收购梵蒂冈银行手中的一家房地产公司的股票。大教主和他背后的利益集团希望迈克能听从他们的指令，但迈克拒绝了，收购计划陷入到他们精心设计的陷阱中。
当年妻子凯无法理解迈克所处的危险境地，迈克也无法向凯解释，一气之下，凯带着年幼的儿子安东尼和女儿玛丽离开了迈克。迈克一直深爱着凯和儿女们。他写信，邀请凯和儿女能来参加迈克生日宴会，以便一家人团聚。
生日宴会这天，凯终于来了，但她是为安东尼的事情来找迈克的，凯还在生迈克的气。她告诉迈克，儿子安东尼想放弃法律专业，转学他喜欢的歌剧，准备做职业歌手，迈克被儿子说服了，同意安东尼的请求。在生日宴会上，迈克安排玛丽以柯里昂基金会主席的身份宣布向慈善公益事业捐款一亿元。
玛丽在爸爸生日宴会上见到堂兄文森特陷入了爱河之中，不能自拔。迈克警告文森特不许碰玛丽，文森特点点头。迈克又和玛丽说，要他不要和文森特来往，但玛丽任性，还是私下与文森特保持交往。
文森特取得了迈克的信任，留在身边帮助他。在新泽西大西洋城，迈克把出售赌博业的钱按出资比例分给合伙人，遭到祖莎沙的暗杀。文森特拼命护着迈克回到家中，迈克知道这是背后有人指使祖莎沙来杀掉自己，他气急之下，突发疾病住进了医院。
迈克生病住院时，凯来看他，儿子安东尼准备在复活节那天在家乡西西里举办首场演出，迈克说他一定会到场。
文森特趁着迈克住院期间，未经迈克同意就除掉了祖莎沙，迈克想查出祖莎沙、艾图贝鲁幕后的人。出院后，他回到家乡请教恩师马仙奴，马仙奴告诉他，这个人一定是鲁智西，他能控制教会和政界高层。
迈克安排文森特假装出卖自己投靠艾图贝鲁，取得艾图贝鲁信任后，被介绍到了鲁智西，鲁智西对文森特十分欣赏，一点也没有怀疑文森特。
马仙奴要迈克去寻求梵蒂冈红衣教主的帮助，红衣教主希望迈克能真心忏悔，迈克终于战胜自己，痛哭起来，承认自己出卖妻子，杀死亲哥哥，红衣教主相信了迈克是真心的，决意帮助迈克解决教会里的阻碍。
迈克邀请了很多朋友来到西西里参加儿子的首场演出，安东尼唱了一首家乡的民谣，作为礼物送给来为他捧场的亲朋好友。
艾图贝鲁劝止迈克不成，便找到手下的王牌杀手，准备在安东尼演出的时候，杀掉迈克。他还把这个计划告诉了文森特。
杀手在前往剧院的途中正好遇见了马仙奴，被马仙奴认了出来，杀手害怕计划泄露，开枪打死了马仙奴。
凯也独自乘火车来到西西里，迈克带着凯故地重游，但是凯没有兴趣，迈克把当时的危险境况说给凯听，凯开始相信迈克，承认自己一直都爱着迈克。
文森特请来一对双胞胎兄弟保护麦克的安全，康妮看到这对兄弟不是很放心，文森特说他们是最好的保镖，迈克叔叔的安全没有问题。康妮对文森特说，“你要有爷爷那样的胆识，如果发现迈克有什么事，你一定要反击。”文森特说他随时听候命令，康妮还不放心，要文森特发过誓后，劝迈克把教父的位置让给文森特，但迈克提出一个条件，要文森特离开女儿玛丽，文森特答应了。
得知主人被杀，马仙奴的仆人阿尔纳利发誓要替主人报仇，迈克设计安排他去刺杀鲁智西。安排另一位杀手卢卡去刺杀大教主和会计师简锡，对手知道，迈克会在儿子演出的时候开始实施他的复仇计划了，而文森特也知道对手派来的杀手也将在演出时暗杀迈克，到底驴死谁手呢？
红衣教主被选为新教皇，他上任后下令彻查梵蒂冈银行，批准了迈克的收购计划，大教主见事情即将败露，毒死了新教皇。
卢卡找到会计师简锡，将他杀死在地下办公室里，然后来到在大教主的教堂里，开枪打死了大教主。
阿尔纳利按照迈克的吩咐，成功取得了和鲁智西近距离接触的机会，他快速摘下鲁智西的眼睛狠狠地扎入他的脖子里，鲁智西死了。
在安东尼演出的时候，文森特和玛丽说以后再也不要见面了，玛丽伤心的哭了。
迈克的妹妹康妮用点心毒死了贪吃的艾图贝鲁。至此迈克的仇人一个一个地干掉了，但他的危险也来到了，杀手在演出的时候错失了狙击迈克的机会，但他并没有放弃暗杀，他利用演出结束的混乱局面，近距离向迈克和玛丽各开了一枪，迈克侥幸没有生命危险，文森特急忙掏枪打死了杀手，但玛丽不幸中枪身亡，文森特眼睛撑得大大的，眼里满是泪水。迈克抱着玛丽失声痛哭，悲痛欲绝。
