奈叶原本是一位平凡的三年级的少女，家里有着相爱的爸爸妈妈，亲密的哥哥姐姐，是一个幸福的孩子。因缘际会，在梦中与尤诺相识，并帮助她收集邪恶的圣石之种，在这期间展开了一系列的战斗。

尤诺是来自异界的魔法师，在异界时负责挖掘工作。在一次的挖掘中，发现了圣石之种，她小心翼翼地把这些圣石交给调查师运回研究所，然而在这运输过程中发生了意外，飞机坠落了。尤诺也开始了这趟寻找之旅，然而依靠着自身使役魔的力量并不能完成任务，因一次受伤，因缘际会与尤诺与奈叶达成了契约，共同收集圣石之种。

不要仅仅做到尽力就好，需要时刻准备着。两人共同战斗，尤诺的魔法与奈叶的天赋让她们无所披靡，很快就收集到了5颗圣石。但是奈叶也消耗了太多的精力，这一天奈叶拖着疲惫的身体，躺在了柔软的床上，便想着休息一天也没关系吧。在感知到圣石的存在时，选择了忽略第六感给的讯息，最终差点酿成了大祸。虽然圣石之种最终还是被奈叶成功回收，但是她的心中更加明白了这个约定的重要性，它是一个约定更是一个使命。

两个魔法少女皆因约定而收集圣石，是注定的竞争对手。这一天，奈叶与尤诺发现了一个圣之种，她们正在准备封印它。而这时，一股相似的力量迎面而来，有着相同的权杖与装备，奈叶疑惑不已，因救尤诺而晕倒了，最终圣石之种被另一位魔法少女菲特收走。菲特是来自异界真正的魔法少女，她因想要完成妈妈所交给的任务而前来收集圣石之种。而奈叶在她的身上感受到了寂寞哀伤的气息，而她渴望理解菲特。

完美的复制品，哀伤的菲特。因想要完成自己的梦想，菲特的母亲需要收集圣石之种。在菲特第一次从地球带回4颗圣石之种时，菲特的母亲狠狠地教训了她，用一根长鞭抽打着菲特，菲特的身上布满了母亲留下的伤痕。然而菲特并不怨恨母亲，面对母亲过分的举动与要求，她一一温顺的接下了，为了实现母亲的心愿而全力以赴，再一次回到地球寻找圣石之种，而她的身边只有使役魔懂得她的悲伤与寂寞。

菲特与爱丽西娅的宿命，菲特母亲的哀伤。菲特为了满足母亲的愿望而选择了义无反顾地争夺那圣石之种，而菲特的母亲却只想着运用圣石之种带着自己的亲生女儿爱丽西娅寻找失去的过往，挽回可爱女儿的生命。而菲特只是母亲为了抚平悲伤而制造的人偶，而这也让观众都明白了为什么看不到母亲对菲特的温柔。菲特拥有着爱丽西娅的模样，拥有着爱丽西娅的记忆，然而却依然只是一个复制品，不能真正走进母亲的心里。

时空管理局次元航行，掌握着秩序，真相的展开。再一次奈叶与菲特的争斗中，一位名叫克洛诺突然出现，把奈叶带到了航舰中。在这里奈叶了解到了关于圣石的真相，它们是由超速发展的世界自行毁灭后，遗留下来的科技遗产，拥有超强的力量，如果使用不当将会导致次元世界的崩溃。正因为如此，这些遗产需要妥善保管起来。

寂寞的时候最想要互相交流的知音，能够与自己分享哀伤。当了解圣石之种的厉害之处后，奈叶决定全力寻找，肩负着使命。在不断地争斗中奈叶逐渐明白了菲特的孤独，想要与菲特成为朋友。面对奈叶的友好，菲特的心涌进了丝丝的暖流，最终也被押至船舰，所有的真相都一一浮于水面。面对母亲残忍的真相揭露，菲特心痛到昏迷，然而她还拥有着使役魔与战斗权杖一直陪伴着她，让她明白了其实自己并不是只有一个生存的意义。

番剧的最后，奈叶回到了她的凡人朋友之间，三人快乐的欢笑着，而菲特因为她一无所知，为了而选择的义无反顾，内心深处依然是善良的孩子，虽然依然受到了惩罚，但是已经减轻了不少。在离别之际，奈叶与菲特互相拥抱着，两个温柔善良的魔法少女，因不同的约定而有了共同的目标，却选择了互相理解，最终成为了好朋友。

这是一部充满了战斗与特效的番剧，人物的刻画十分地饱满，完整的交代了每一个人物所处的背景，让每一个情节都能完美地衔接，环环相扣，只有看到最后才能明白每一个人物的选择动机。