这两天在基因课上学了一下eggnog-mapper，先看文章，然后看视频课程，正好工作有需要对一批转录本进行功能注释。捣鼓一下，在基因课的服务器上操作的，特此记录一下。
- 文章：Fast genome-wide functional annotation through orthology assignment by eggNOG-mapper
- 使用文档
- hoptop笔记
- 刘小泽
基本信息两位师兄都是珠玉在前，我就不说了。下面说一下我的使用感受。
我要功能注释的蛋白序列文件大概有18M，使用
grep ">" text.pep.fa | wc -l
# 33932
那么推荐应该用diamond模式，命令如下：
nohup python2 /pub/software/eggnog-mapper-1.0.3/emapper.py -m diamond -i text.pep.fa -o Tea_annotation --usemem --cpu 6 &
报错：Error: Database was built with a different version of diamond as is incompatible.，与链接里面发生的问题一样。随后我用他的解决办法发现需要使用 /pub/software/eggnog-mapper-1.0.3/bin/diamond的 diamond命令，而这个是0.8.22的老版本我使用的conda安装的0.9.21新版本。所以作者说只能使用这里面的老diamond。因此我就需要将老版本加入环境变量并覆盖新版本。办法是只要在环境变量加入的位置放在新的后面就可以覆盖。果然就解决了。花了可能三四个小时不到就完成了。前一天作死用hmmer模式跑结果十多个小时就跑出来20个结果。果然diamond真快！
BTW:我想把实验室的服务器也装上eggnog-mapper，困难的是服务器下载那些数据库文件太慢了，而那些文件加起来可能有70多G。所以只能本地下载，再上传到服务器上，不知道最后能不能运行成功。只能走一步，看一步。
结果证明是完全可行的!
