这本书的主人公是15岁的“小哥白尼”，他正读中学二年级，有个大学刚毕业的舅舅，俩人关系很好。在过去的一年里，“小哥白尼”经历了很多事情：下雨天在东京繁华街区的楼顶看人来人往，突然意识到自己很渺小；交了两个新朋友——顽固且充满正义感的北见和家境不好但勤劳懂事的浦川；和朋友们做了约定，有问题要一起面对；真正遇到问题时，朋友们都上了，自己却临阵脱逃，尽管内心悔恨不已，仍是和朋友产生了嫌隙；在舅舅的指引下，诚实面对自己的问题，真诚向朋友道歉，终于和朋友重归于好。这些经历有开心，有生气，有难过，在舅舅的帮助下统统化作“小哥白尼”成长的养分，促他成为更好的人。
有一说一，作者的知识面真的蛮广的，物理、历史、经济、各国文化均有涉猎，所以舅舅的笔记不仅对“小哥白尼”有启发，作为读者的我也受益匪浅，其中印象最深刻的情节当属“小哥白尼”违背诺言，关键时刻没有为朋友挺身而出，这使我联想到《追风筝的人》，阿米尔也是亲眼看到哈桑被坏人欺负，和“小哥白尼”一样选择了自保，事后他们都饱受良心折磨，“小哥白尼”比较幸运，有明事理的长辈引导他正视自己的懦弱，勇敢承担自己不当行为带来的后果，早早得到了救赎。
