1、用在线工具，比如mircode，做lncRNA和miRNA的比对，这一步是构建ceRNA的关键。这里494个差异lncRNA和74个差异miRNA进行比对。得到50个DElncRNA和18DEmiRNA相互作用。
2、miRNA靶基因预测
利用TargetScan、miRDB、miRanda、miRTarBase在线工具对18个miRNA进行靶基因预测，得到的靶基因在去和差异基因做淘汰，得到81个靶基因也就是DEmRNA。
3、构建ceRNA网络
经过一次比对，一次预测，最终得到50个DElncRNA、18个DEmiRNA和81个DEmRNA，以及它们之间的相互关系。使用cytoscape对具有相关性的lncRNA、miRNA、miRNA靶基因进行可视化。就可以得到ceRNA网络。cytoscape的使用有很多学问，如何做出漂亮的图需要很多时间和审美。
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