Windows下sratoolkit下载NCBI数据

参考：https://blog.csdn.net/zx_zhang01/article/details/120222212

1. NCBI下载sratoolkit
   https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01.-Downloading-SRA-Toolkit
   下载后直接解压就好，我直接放在E盘根目录下。

2. 配置系统环境变量
   快捷键win+R，输入sysdm.cpl，打开配置path，点击环境变量，再点击系统变量的path，点击新建，把你存放sratoolkit的路径复制黏贴加上去，最后点击确定。

3. 测试（配置）
   快捷键win+R，输入cmd打开命令行，输入E:，进入E盘，再cd 文件名，进入存放sratoolkit的目录
   输入bin\prefetch.exe -h，可以查看prefetch是否正常运行，我一开始是报错的，显示要我配置。
   输入vdb-config --interactive，出现配置界面，Tab和Enter操作，一定要配置资源存放位置，Aws下的report cloud instance identity前打X。两次Esc退出
   运行bin\prefetch.exe -h，显示帮助信息，就是安装成功。

image.png

4. 下载
   从ncbi的sra数据库搜索想要的序列号
   bin\prefetch SRRxxxxxx
   等待下载完成就好
   如果下载数据量过大
   bin\prefetch --max-size 50G（比你的数据大一些）SRRxxxxxx

5. 格式转换
   双端（生成-1-2两个文件）
   bin\fastq-dump --split-3 --gzip SRRxxxxxx
   单端
   bin\fastq-dump --gzip SRRxxxxxx