MultiQC安装及数据评价

一:MultiQC安装
1.因为之前已经安装了conda,所以直接输入
conda install -c multiqc
2.确认是否安装成功
multiqc -h

1.png

2.png

3.png

3.下载SRR序列
prefetch SRR7511222
prefetch SRR7511229
4.解压
fastq-dump --gzip --split-files SRR7511222.sra
fastq-dump --gzip --split-files SRR7511229.sra
5.建立脚本
vi fqdump.sh

#!/bin/sh
for i in *sra
do
echo $i
fastq-dump --gzip --split-files $i
done

运行
sh fqdump.sh
在当前目录下查看
ls

4.png

6.fastqc评估
fastqc SRR7511229_1.fastq.gz
fastqc SRR7511229_2.fastq.gz
fastqc SRR7511222_1.fastq.gz
fastqc SRR7511222_2.fastq.gz
5.png

7.MultiQC评价
multiqc .
查看文件multiqc_report.html是否存在
ls
6.png

将multiqc_report.html下载到本地,再用浏览器打开
这张是一般统计,
记录了四个数据Du和GC百分比
7.png

序列质量直方图
四个数据大体一致,随着bp值上升,得分缓慢下降
10.png

每序列质量分数
平均质量分数的阅读次数。显示读取的子集是否质量较差
四组数据阅读次数在37得分前一直上升,37之后剧烈下降
8.png

这张图是过度表示序列
可见SRR7511222-1最高,SRR7511222-2最低d,SRR7511229-1与SRR7511229-2相差不多
9.png

此外还有其他数据展示,比如每个碱基序列含量,每序列GC含量,每碱氮含量,序列长度分布,序列重复水平等等

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