介绍
WGCNA官网教程第一部分的第二个脚本FemaleLiver-02-networkConstr-auto.R 中用到的labels2colors函数解读
表达式：moduleColors = labels2colors(net$colors)
后面的脚本中 moduleColors 被视为与基因顺序相同，
目的是为了看moduleColors 与net$colors 的顺序是否一一对应。
net$colors 简介
> net$colors %>% head(20)
MMT00000044 MMT00000046 MMT00000051 MMT00000076 MMT00000080
0 1 1 17 4
MMT00000102 MMT00000149 MMT00000159 MMT00000207 MMT00000212
12 5 6 7 1
MMT00000231 MMT00000241 MMT00000268 MMT00000283 MMT00000334
1 4 4 5 1
MMT00000365 MMT00000368 MMT00000373 MMT00000384 MMT00000401
4 4 2 2 2
函数式与解读
根据moduleColors=labels2colors(net$colors) 表达式进行解析。
> labels2colors
function (labels, zeroIsGrey = TRUE, colorSeq = NULL, naColor = "grey",
commonColorCode = TRUE)
{
# 1 if
if (is.null(colorSeq)) #真，未定义该值
colorSeq = standardColors() #执行，standardColors()为WGCNA定义的颜色函数，默认返回一个值为435个颜色的向量。
# 2 if
if (is.numeric(labels)) { #真，labels为数值
# 2.1 if
if (zeroIsGrey) #真，默认
minLabel = 0 #执行，获取值，minLabel = 0
else minLabel = 1
# 2.2 if
if (any(labels < 0, na.rm = TRUE)) #假。
minLabel = min(c(labels), na.rm = TRUE) # 上面if 省略了{},是单行表达式！！！坑！！！
nLabels = labels #执行，注意这句与2.1 if和 2.2 if并列。该句在2 if为真的判断内。这个缩进真的不太好观察。⭐⭐⭐⭐
}
else { #跳过
# 2.3 if
if (commonColorCode) {
factors = factor(c(as.matrix(as.data.frame(labels))))
nLabels = as.numeric(factors)
dim(nLabels) = dim(labels)
}
else {
labels = as.matrix(as.data.frame(labels))
factors = list()
for (c in 1:ncol(labels)) factors[[c]] = factor(labels[,
c])
nLabels = sapply(factors, as.numeric)
}
}
# 3 if
if (max(nLabels, na.rm = TRUE) > length(colorSeq)) { #此处nLabels = labels，max(nLabels, na.rm = TRUE) 返回最大模块数值18，length(colorSeq) = 435，假！跳过
nRepeats = as.integer((max(labels) - 1)/length(colorSeq)) + 1
warning(paste("labels2colors: Number of labels exceeds number of avilable colors.", "Some colors will be repeated", nRepeats, "times."))
extColorSeq = colorSeq
for (rep in 1:nRepeats) extColorSeq = c(extColorSeq,
paste(colorSeq, ".", rep, sep = ""))
}
else { #真，执行
nRepeats = 1 #这个有啥用啊？下面函数没用到呀！
extColorSeq = colorSeq #colorSeq 为长度435的颜色向量，
}
colors = rep("grey", length(nLabels)) #length(nLabels)等于基因数目3600，生成3600个重复的"grey"
fin = !is.na(nLabels) #非NA的值为TRUE，3600 个TRUE的逻辑向量。(!is.na(moduleLabels)) %>% table()
colors[!fin] = naColor #反转向量fin，缺失值NA为TRUE，提取所有为TRUE的值，转换为naColor,默认为"grey"。#也就是说，原来nLabels缺失值部分可以转换默认的”grey“，也可以通过naColor转换为其它配色。并不是无用。因为默认naColor = "grey"，所以这里的colors仍全部为”grey“
finLabels = nLabels[fin]
colors[fin][finLabels != 0] = extColorSeq[finLabels[finLabels != 0]]
# 4 if
if (!is.null(dim(labels)))
dim(colors) = dim(labels)
colors
}
<bytecode: 0x000002ac4939e770>
<environment: namespace:WGCNA>
支线函数
standardColors() 函数式
WGCNA自带函数。
n指定输出颜色个数，最大435。这个函数输出的颜色，给我那29条的染色体，这不就正好了吗？找个这么长的颜色向量不容易。
不太理解.GlobalStandardColors 含义，猜测是WGCNA内置内容。
> standardColors
function (n = NULL)
{
if (is.null(n))
return(.GlobalStandardColors)
if ((n > 0) && (n <= length(.GlobalStandardColors))) {
return(.GlobalStandardColors[c(1:n)])
}
else {
stop("Invalid number of standard colors requested.")
}
}
<bytecode: 0x000002ac3026ca78>
<environment: namespace:WGCNA>
any(labels < 0, na.rm = TRUE) 此处为FALSE
any(labels < 0, na.rm = TRUE)中labels为 net$colors 数值向量，向量由WGCNA内函数安排，应该不会有＜0的值。
读作：labels中去掉na值，然后与0作比较，如果有一个值＜0则返回TRUE。
复现 ⭐⭐（绕晕了）
由于labels在base包中有同名函数。为了更好的重复，这里还是用了labels作为变量名称。
第3个 if位置看蒙圈了，复现下。这里加了0与NA，向量labels = c(2,NA,1,0,2) 中非0非NA的值有重复，修改naColor为非颜色值，防止混淆。
# #数据准备
> labels = c(2,NA,1,0,2)
> names(labels) = rep(paste0("gene",1:4))
> naColor = "apple" #设置了一个非颜色设置
## 转换
> labels
## gene1 gene2 gene3 gene4 gene5
## 2 NA 1 0 2
> nLabels = labels
# 准备colorSeq相关
> colorSeq = standardColors()
> head(colorSeq)
## [1] "turquoise" "blue" "brown"
## [4] "yellow" "green" "red"
> length(colorSeq)
[1] 435
> extColorSeq = colorSeq
# 最后的colors
> colors = rep("grey", length(nLabels))
> colors
# [1] "grey" "grey" "grey" "grey" "grey"
> fin = !is.na(nLabels)
> fin
## gene1 gene2 gene3 gene4 gene5
## TRUE FALSE TRUE TRUE TRUE
> colors[!fin] = naColor #定义原向量nLabels中为NA值对应位置的颜色为naColor。
> colors
#[1] "grey" "apple" "grey" "grey" "grey"
> finLabels = nLabels[fin]
> finLabels
## gene1 gene3 gene4 gene5
## 2 1 0 2
> finLabels != 0 #观察
## gene1 gene3 gene4 gene5
## TRUE TRUE FALSE TRUE
> colors[fin] #观察
# [1] "grey" "grey" "grey" "grey"
> finLabels[finLabels != 0] #观察
## gene1 gene3 gene5
## 2 1 2
> extColorSeq[finLabels[finLabels != 0]] #观察。按上面1，2数值位置索引出颜色，也就是按非空，非0模块基因索引出位置。
# 颜色向量顺序与非空基因顺序相同。
# [1] "blue" "turquoise" "blue"
> colors[fin][finLabels != 0]
# [1] "grey" "grey" "grey"
> colors[fin][finLabels != 0] = extColorSeq[finLabels[finLabels != 0]] #对非空非0的模块编号进行重新配色，替换掉原来的grey
# 4 if
> dim(labels) #观察
# NULL
> is.null(dim(labels))
# [1] TRUE
> if (!is.null(dim(labels))) #不执行。
dim(colors) = dim(labels)
> colors
## [1] "blue" "apple" "turquoise"
## [4] "grey" "blue"
本节小结：
第3个if的位置实现的是，对net$colors 中的0赋值为"grey"，对net$colorsNA值赋值为了naColor，默认为"grey"，也可以用其它值，这里设为了非颜色“apple”值。
另外这里对0值模块的配色是通过将非0值finLabels != 0重新配色给替换原"grey"完成的。检验NA赋值方式是通过将naColor赋值给非颜色值来探索，以免与原颜色值重复。
小结
WGCNA中的standardColors()函数输出的配色字符向量长度为435，可以用作一个配色板。用层级标题的方式梳理if条件。
-
第3个if的位置实现的是，对
net$colors中的0赋值为"grey"，对net$colorsNA值赋值为了naColor，默认为"grey"，也可以用其它值。另外这里对0值模块的配色是通过将非0值
finLabels != 0重新配色给替换原"grey"完成的。
