pysam 处理bam 文件

最近一段时间都经常使用pysam 处理bam 数据。
有时候使用pysam 把内容写入bam 文件时，使用samtools view bam-file | less -S查看输出的bam 文件 ，会报错EOF marker is absent. The input is probably truncated，这个错误意味着bam 文件不完整，需要小心。但是等python 脚本把内容全部写入到bam 文件时，再使用samtools view 查看bam 文件就没报错了。之前的报错不需要额外担心。

samfile = pysam.AlignmentFile("in.bam", "rb")
outfile = pysam.AlignmentFile("out.bam", "wb", template=samfile)

for read in samfile:
    read.query_name = read.query_name + '_add_info'
    outfile.write(read)