GSDS本地镜像构建--docker版

GSDS网站有时候打不开,可能服务器没有人维护,原网站:http://gsds.cbi.pku.edu.cn/index.php

这里为了方便大家使用GSDS,绘制基因结构图,组学大讲堂免费提供一个镜像使大家可以在自己的电脑上搭建一个GSDS网站,这样就永远不会打不开网站了,具体方法如下:

搭建网站系统环境:

操作系统:win10教育版,

docker:docker桌面版本

1.下载组学大讲堂提供的专门为GSDS定制的docker镜像

> docker search omicsclass   #搜索镜像

NAME                           DESCRIPTION                                     STARS               OFFICIAL            AUTOMATED

omicsclass/gene-family         gene-family analysis docker image               4

omicsclass/rnaseq              RNA-seq analysis docker image build by omics…   3

omicsclass/reseq               whole genome resequence analysis                1

omicsclass/blast-plus          blast+ v2.9.0                                   0

omicsclass/biocontainer-base   Biocontainers base Image centos7                0

omicsclass/isoseq3             isoseq3 v3.3.0 build by omicsclass              0

omicsclass/bwa                 BWA v0.7.17 build by omicsclass                 0

omicsclass/samtools            samtools v1.10 build by omicsclass              0

omicsclass/blastall            legacy blastall v2.2.26                         0

omicsclass/sratoolkit          SRAtoolkit v2.10.3 and aspera v3.9.9.177872     0

omicsclass/ampliseq-q2         Amplicon sequencing qiime2 v2020.2 image        0

omicsclass/bsaseq              NGS Bulk Segregant Analysis image               0

omicsclass/ampliseq-q1         Amplicon sequencing qiime1 v1.9.1 image         0

omicsclass/gwas                gwas analysis images                            0

omicsclass/gsds-v2             GSDS 2.0 – Gene Structure Display Server        0

> docker pull omicsclass/gsds-v2  #下载镜像

2.下载GSDS网站源代码下载:gsds_v2.zip,然后解压文件到一个目录:

我这里解压到了:D:\gsds_v2

3.启动docker镜像:

>docker images#查看后台镜像

REPOSITORY               TAG                 IMAGE ID            CREATED             SIZE

omicsclass/gsds-v2       latest              d77e054c3744        8 hours ago         2.54GB

mattrayner/lamp          latest              05750cfa54d5        5 days ago          915MB

omicsclass/bsaseq        latest              d5ed7a70bfc8        13 days ago         9.77GB

omicsclass/reseq         v1.1                da154448a90f        4 weeks ago         8.83GB

omicsclass/gene-family   v1.0                2d1d640726dd        3 months ago        4.53GB

>docker run -d -p 80:80 -v D:\gsds_v2\:/app omicsclass/gsds-v2:latest #后台启动docker网站服务器

4.打开网站使用本地GSDS网站:

网站本地地址:127.0.0.1   ,如果网站没有打开,可以稍等一下,后台服务启动需要时间;

5.docker安装与使用:

docker学习安装使用课程见:

https://study.163.com/course/introduction/1210028910.htm?share=1&shareId=1031484705


更多技能学习链接:

http://m.study.163.com/provider/400000000234009/index.htm?share=1&shareId=1031484705

更多生物信息课程:

1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程基因家族文献思路解读

2. 转录组数据理解不深入?图表看不懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学习链接:转录组(有参)结果解读转录组(无参)结果解读

3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA,提升你的文章档次,学习链接:WGCNA-加权基因共表达网络分析

4. 转录组数据怎么挖掘?学习链接:转录组标准分析后的数据挖掘转录组文献解读

5.微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读OTU网络图绘制cytoscape与网络图绘制课程

6. 生物信息入门到精通必修基础课,学习链接:linux系统使用perl入门到精通perl语言高级R语言画图

7. 医学相关数据挖掘课程,不用做实验也能发文章,学习链接:TCGA-差异基因分析GEO芯片数据挖掘GSEA富集分析课程TCGA临床数据生存分析TCGA-转录因子分析TCGA-ceRNA调控网络分析

8.其他课程链接:二代测序转录组数据自主分析NCBI数据上传二代测序数据解读

©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
  • 序言:七十年代末,一起剥皮案震惊了整个滨河市,随后出现的几起案子,更是在滨河造成了极大的恐慌,老刑警刘岩,带你破解...
    沈念sama阅读 211,948评论 6 492
  • 序言:滨河连续发生了三起死亡事件,死亡现场离奇诡异,居然都是意外死亡,警方通过查阅死者的电脑和手机,发现死者居然都...
    沈念sama阅读 90,371评论 3 385
  • 文/潘晓璐 我一进店门,熙熙楼的掌柜王于贵愁眉苦脸地迎上来,“玉大人,你说我怎么就摊上这事。” “怎么了?”我有些...
    开封第一讲书人阅读 157,490评论 0 348
  • 文/不坏的土叔 我叫张陵,是天一观的道长。 经常有香客问我,道长,这世上最难降的妖魔是什么? 我笑而不...
    开封第一讲书人阅读 56,521评论 1 284
  • 正文 为了忘掉前任,我火速办了婚礼,结果婚礼上,老公的妹妹穿的比我还像新娘。我一直安慰自己,他们只是感情好,可当我...
    茶点故事阅读 65,627评论 6 386
  • 文/花漫 我一把揭开白布。 她就那样静静地躺着,像睡着了一般。 火红的嫁衣衬着肌肤如雪。 梳的纹丝不乱的头发上,一...
    开封第一讲书人阅读 49,842评论 1 290
  • 那天,我揣着相机与录音,去河边找鬼。 笑死,一个胖子当着我的面吹牛,可吹牛的内容都是我干的。 我是一名探鬼主播,决...
    沈念sama阅读 38,997评论 3 408
  • 文/苍兰香墨 我猛地睁开眼,长吁一口气:“原来是场噩梦啊……” “哼!你这毒妇竟也来了?” 一声冷哼从身侧响起,我...
    开封第一讲书人阅读 37,741评论 0 268
  • 序言:老挝万荣一对情侣失踪,失踪者是张志新(化名)和其女友刘颖,没想到半个月后,有当地人在树林里发现了一具尸体,经...
    沈念sama阅读 44,203评论 1 303
  • 正文 独居荒郊野岭守林人离奇死亡,尸身上长有42处带血的脓包…… 初始之章·张勋 以下内容为张勋视角 年9月15日...
    茶点故事阅读 36,534评论 2 327
  • 正文 我和宋清朗相恋三年,在试婚纱的时候发现自己被绿了。 大学时的朋友给我发了我未婚夫和他白月光在一起吃饭的照片。...
    茶点故事阅读 38,673评论 1 341
  • 序言:一个原本活蹦乱跳的男人离奇死亡,死状恐怖,灵堂内的尸体忽然破棺而出,到底是诈尸还是另有隐情,我是刑警宁泽,带...
    沈念sama阅读 34,339评论 4 330
  • 正文 年R本政府宣布,位于F岛的核电站,受9级特大地震影响,放射性物质发生泄漏。R本人自食恶果不足惜,却给世界环境...
    茶点故事阅读 39,955评论 3 313
  • 文/蒙蒙 一、第九天 我趴在偏房一处隐蔽的房顶上张望。 院中可真热闹,春花似锦、人声如沸。这庄子的主人今日做“春日...
    开封第一讲书人阅读 30,770评论 0 21
  • 文/苍兰香墨 我抬头看了看天上的太阳。三九已至,却和暖如春,着一层夹袄步出监牢的瞬间,已是汗流浃背。 一阵脚步声响...
    开封第一讲书人阅读 32,000评论 1 266
  • 我被黑心中介骗来泰国打工, 没想到刚下飞机就差点儿被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留,地道东北人。 一个月前我还...
    沈念sama阅读 46,394评论 2 360
  • 正文 我出身青楼,却偏偏与公主长得像,于是被迫代替她去往敌国和亲。 传闻我的和亲对象是个残疾皇子,可洞房花烛夜当晚...
    茶点故事阅读 43,562评论 2 349