后世派，代表人物：田代三喜、曲直漱道三……
十五世纪后期,出身日本伊豆医学世家的田 代三喜（公元1465~1537）入明求学,旅明12年来,研习当时盛行的金元医学,尤尚东垣、丹溪学说,并随月湖临证。田代三喜学成返日之后应关东管领足利成氏之邀移居古河,其间名声益振。三喜大力倡导金元四大家之学,特别是丹溪学说。
丹溪擅治气、血、痰等杂病,其辨证论治在其著作中也有独到的阐述,《丹溪心法·秘方一百》总结其治法道:“以气、血、痰为主。凡病血虚,四物;气虚,四君子;有痰,二陈。”
田代三喜宗丹溪之学创立气血痰病理观,指出凡体内致病因素均可以气、血、痰概括,其 治可概述为“病由气发,通气汤主之;由血发,补荣汤主之;由痰发,和中汤主之”,而后随证加减。通气汤的组成即是四君子汤加陈皮,补荣汤为四物汤基础上加茯苓和甘草,和中汤则是体现了三喜对丹溪治痰法的融会贯通。三喜宗丹溪之学,结合日本实际,创立的一套气血痰病理观及相应的治疗体系,不仅使得丹溪医学落地日本之后“随方土而异”趋于本土化,更是使得日本汉方摆脱了对局方医学的长期盲从,开始重视临床实践，医学理论取得了长足的发展。
日本现代医史学家大塚敬节的《东洋医学史》中,将田代三喜的登场作为日本医学史前后两期时代的分界,视其为开创汉方医学体系的先驱。
但田代三喜的医学足迹远离日本当时的文化中心京都,因而未能将其推崇的丹溪学说普及全国。
其徒：曲直漱道三
田代三喜的弟子曲直漱道三亦信奉李朱学说，且受朱丹溪的影响犹为深厚，遂大力推广普及，并建立启迪院，广纳门徒，教授门徒８００余，李朱医学逐渐遍及日本各地，盛极一时。
１５７１年，曲直濑道三代表作《启迪集》问世，该书引用中国医书达６３种之多，其内容以引李东垣《脾胃论》、《兰室秘藏》，朱丹溪《格致余论》、《丹溪心法》为最多。但并不拘于金元医家，而是博采众长、首次提出以传统医学的理论，把握人体生理、病理、疾病表现，在此基础上察证辨治，形成较为完整的理论体系，建立了日本汉方医学独立发展的基础。
曲直獭道三以后，追随者甚众，其弟子大多成为当时名医。江户前期以及其后约１００年间道三学派，即金元医学占主导地位，从而形成日本汉方医学第一支学派，即所谓“后世方派”，真正开始了中国医学日本化阶段。
古方派，代表人物：后藤良山、吉益东洞
日本进入江户时代(公元1603—1876年) , “金元医学”在中土逐渐衰落,日本也受这种趋势的影响,主张回归《伤寒杂病论》,以坂净运为奠基人、名古屋玄医为开山鼻祖的“古方派”开始复权。坂净运于弘治5年(1492年)来华,对汉代张仲景的学说颇有研究。8年后归国,并将《伤寒杂病论》等书带回日本医药界广为传播,对近、现代日本汉方医学有着深远的影响。
后世派代表人物<后藤良山>是古方派的真正创始人,他一改当时医师剃光头、起法号、穿僧衣、受僧官的常规,穿便服、束发,树立了一种以施行仁术为主的新医家形象,使医学从佛教中独立了出来,这一切都成为了后来确定医师社会地位的原动力。
古方派认为,古代医学是从纯粹观察和实际的经验中总结出来的,是临床最有价值的,故独崇《伤寒论》并加以发扬。在《伤寒论》的基础上,古方派诸医家又竞相发挥,各有主张。如后藤良山否认阴阳五行学说,独重气的生理病理,提出“一气滞留说”。
吉益东洞认为 “只有张仲景之随证投药,不拘病因,最可推崇”;提出“万病一毒论”,开创了日本医学界病因论的先河;并主张疾病是因为后天生成的病毒侵入人体而造成的,毒惟一种,毒就是万病所发生的原因。
他在充分吸收《伤寒杂病论》精髓的基础上,结合自身经验编撰《类聚方》、《药征》等著作,使古方派发展达到顶点;其子吉益南涯对“万病一毒论”进行了新的阐释,认为毒是指气、血、水的变化,这种变化是引起诸多疾病的重要因素,从而创立了“气血水说”。这些医家对《伤寒论》的研究不断深人,进而后来压倒后世派而成了汉方医学之主流，至今不衰。
折衷派，代表人物：丹波家族、浅田宗伯
18世纪中叶,主张折衷古今的势力也开始抬头,形成了以多纪氏（丹波家族）为代表的“折衷派”,从而与古方派、后世派成三足鼎立之势。折衷派既不偏重于后世派的宋、元医方,也不盲从于古方派的汉代和隋唐的古方;而是想方设法地将两派（后世派、古方派）的长处有机地结合。
折衷派吸收了两派的优点,扬弃其不足并吸取一些西洋医学观点而立论,主张无论是哪一派,只要在临床有效就应选用。开发中药麻醉剂,在世界上最先成功地作了乳癌摘除术的华岗青洲、永富独啸庵,以及明治前期主宰汉方界,被称为幕末明治的汉方巨头浅田宗伯等都可以说是折衷派的代表人物。同时,他们又对历代的医学名著和重要资料进行校正和整理,使之对汉方的发展起到更大的作用。
考证派，代表人物：黑道琢、 山田正珍、丹波元胤、森立之
18世纪后半叶,考证学方法被导入到医学研究中,江户医学考证学的开创者是目黑道琢 。他精通《素问》、《灵枢)、《难经》、《伤寒论》、《金匮要略》等宋金元明诸医书,是“考证派”最关键的人物之一。
考证派的代表人物还有山田正珍以及丹波元胤。他们主要从训话学和文献学的角度,对中医古籍进行整理研究,侧重于古文献的考证、训诂、笺注,理论上完全尊古,对保存和传播中医文献作出了重要贡献,如丹波元胤所著《医籍考》等,就流传甚广。
丹波元坚于丹波元胤去世后继承了由其家族创办的医学馆(即跻寿馆)。在医学馆期间,元坚不但写就了《伤寒论述义》、《金匮要略述义》、《素问绍识》、《杂病广要》等书,更尽力地重版了宋版的《千金方》和《医心方》，同时积极搜集并重版其他善本医学书籍,这是他为江户医学所遗留下来的最大功绩。
江户医学考证派由目黑道琢开始,至元简 、元坚等人时进一步发展,而其中起重要作用的还有是森立之。这位先师从夜斋,后 入兰轩门下并成为兰门五哲之一的医家,生性好学,适逢时局稳定,再加上天赐长寿使他得以写就令医界叹为观止的名著。明治十八年,森立之的离世宣告了考证派的终结。
为何森立之的离世宣告了考证派的终结？
其实终结的又何止只是考证派，后世、古方、折衷……等汉方医学都终结了。
重点是：明治维新。穆宗同治七年(1868年),日本政府打破德川幕府推行了200余年的闭关自守政策,实行富国强兵新政,开展“明治维新”运动。
中医被贬为简陋破旧的小木船,而西医则被誉为巍峨坚固的大轮船。天皇决定通过医疗制度改革全面引进德国医学,规定只有通过西医考试取得医师资格的人才可以使用中医方药,虽未立即废除汉方,却采用了默杀的方法,使一千多年来为维护日本人民健康作出巨大贡献的汉方医学一夜之间跌入冰窟。
汉方学馆被封闭,领导权由西医执掌,大力提倡西医,采用西医药分业制度。通过西欧医学教育,大量培养西医师。明治八年以后,汉方医学甚至处在法律上难以生存的状态,明治九年的医生开业考试的所有七个科目都是西医。如此,汉方医学在日本已难延续。
至此,汉方医学进入了历史上最艰难的阶段。
