杂乱知识点

叶酸:
rs1801133-1F:
TTGAAGGAGAAGGTGTCTGCGGGAG[C/T]CGATTTCATCATCACGCAGCTTTTC
rs1801394-2F:
AGGCAAAGGCCATCGCAGAAGAAAT[A/G]TGTGAGCAAGCTGTGGTACATGGAT
rs1801131-5F:
TGGGGGGAGGAGCTGACCAGTGAAG[A/C]AAGTGTCTTTGAAGTCTTCGTTCTT
酒精:
rs671-3F:
CGAGTACGGGCTGCAGGCATACACT[A/G]AAGTGAAAACTGTGAGTGTGGGACC
rs1229984-4F:
TAGATGGTGGCTGTAGGAATCTGTC[A/G]CACAGATGACCACGTGGTTAGTGGC
一代测序峰图看位点
bwa&soap
bwa soap
prefect reads prefect reads
reads数:7853896 reads数:7857660
uniq reads数:49480 uniq reads数:45867
冗余率:0.0063 冗余率:0.00584
错配数<=1 错配数<=1
reads数:8404855 reads数:8407101
uniq reads数:137866 uniq reads数:127842
冗余率:0.0164 冗余率:0.0152
prefect reads 占错配数<=1 的reads的比例:0.359 prefect reads 占错配数<=1 的reads的比例:0.359
HaplotypeCaller+CombineGVCFs+GenotypeGVCFs

单样本:
HaplotypeCaller + GenotypeGVCFs != HaplotypeCaller

多样本:
HaplotypeCaller + CombineGVCFs + GenotypeGVCFs != HaplotypeCaller + GenotypeGVCFs + Bcftools merge


肿瘤异质性工具列表:

http://sysbio.suda.edu.cn/tumor_heterogeneity/tool.html
http://compbio.cs.brown.edu/software/
https://shahlab.ca/projects/

软著相关

代码文档:所用软件的源代码即可
其他文档:以通过审批的模板按要求仿写就可以
比较简单但是耗时间,并且要求比较仔细

©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
【社区内容提示】社区部分内容疑似由AI辅助生成,浏览时请结合常识与多方信息审慎甄别。
平台声明:文章内容(如有图片或视频亦包括在内)由作者上传并发布,文章内容仅代表作者本人观点,简书系信息发布平台,仅提供信息存储服务。

相关阅读更多精彩内容

友情链接更多精彩内容