今天开始将要介绍qiime2的使用。qiime2虽然和qiime1只差了一个数字，但是两者之间的差异很大，Qiime2是对Qiime1进行了重新设计和编程，弥补了很多qiime1中的不足。qiime2最新的版本是2019.1，该润健更新的很勤快，2-3个月就出一个新版本。
qiime官网
该教程基于qiime2-2018.2版本
当然，主要还是qiime2提供的官方手册。
qiime2的主要特点：
- Integrated and automatic tracking of data provenance
- Semantic type system
- Plugin system for extending microbiome analysis functionality
- Support for multiple types of user interfaces (e.g. API, command line, graphical)
qiime2的版本更新很快，而且不同版本之间存在着比较大的差异，作者有时候会对命令的具体名字进行改动。所以大家学习的时候，一定要参考相对应的版本的文档进行。
下载与安装
下载非常简单，分为两步
第一步，安装Miniconda
自己根据自己的电脑进行安装即可
第二步，安装qiime2
#MacOS
wget https://data.qiime2.org/distro/core/qiime2-2019.1-py36-osx-conda.yml
conda env create -n qiime2-2019.1 --file qiime2-2019.1-py36-osx-conda.yml
# OPTIONAL CLEANUP
rm qiime2-2019.1-py36-osx-conda.yml
#Linux
wget https://data.qiime2.org/distro/core/qiime2-2019.1-py36-linux-conda.yml
conda env create -n qiime2-2019.1 --file qiime2-2019.1-py36-linux-conda.yml
# OPTIONAL CLEANUP
rm qiime2-2019.1-py36-linux-conda.yml
安装完之后：
image.png
测试一下是否安装成功：
1、激活环境
source activate qiime2-2019.1
2、查看帮助
qiime --help
安装成功
