今天开始将要介绍qiime2的使用。qiime2虽然和qiime1只差了一个数字，但是两者之间的差异很大，Qiime2是对Qiime1进行了重新设计和编程，弥补了很多qiime1中的不足。qiime2最新的版本是2019.1，该润健更新的很勤快，2-3个月就出一个新版本。

qiime2的官网

qiime官网

本次学习参考的流程

该教程基于qiime2-2018.2版本

当然，主要还是qiime2提供的官方手册。

qiime2的主要特点：

• Integrated and automatic tracking of data provenance
• Semantic type system
• Plugin system for extending microbiome analysis functionality
• Support for multiple types of user interfaces (e.g. API, command line, graphical)

qiime2的版本更新很快，而且不同版本之间存在着比较大的差异，作者有时候会对命令的具体名字进行改动。所以大家学习的时候，一定要参考相对应的版本的文档进行。

下载与安装

下载非常简单，分为两步
第一步，安装Miniconda
自己根据自己的电脑进行安装即可
第二步，安装qiime2

#MacOS
wget https://data.qiime2.org/distro/core/qiime2-2019.1-py36-osx-conda.yml
conda env create -n qiime2-2019.1 --file qiime2-2019.1-py36-osx-conda.yml
# OPTIONAL CLEANUP
rm qiime2-2019.1-py36-osx-conda.yml

#Linux
wget https://data.qiime2.org/distro/core/qiime2-2019.1-py36-linux-conda.yml
conda env create -n qiime2-2019.1 --file qiime2-2019.1-py36-linux-conda.yml
# OPTIONAL CLEANUP
rm qiime2-2019.1-py36-linux-conda.yml

安装完之后：

image.png

测试一下是否安装成功：

1、激活环境

source activate qiime2-2019.1

2、查看帮助

qiime --help

安装成功