1.项目的实施策略不清
许多组织级项目由于项目的实施策略不清，导致在项目执行过程中出现各种问题，甚至错失了与客户的再次合作机会。
组织级项目在项目执行前要确定好实施策略――可包括：人力资源策略、分包管理策略、采购管理策略、质量管理策略、公司级管理策略、项目优先级策略、区域实施策略、市场策略等，可由公司组织相关部门共同制定。在项目执行过程中，相关部门应遵照策略进行工作安排。公司在项目执行过程中及时调整策略，以利于整个项目的实施，满足公司发展的战略要求。
2.大项目经理常常感觉“力不从心”
对组织级项目负有直接责任的PM本文称为“大项目经理”。多部门参加的组织级项目，每个部门都有一个PM负责其部门承担的部分，这些PM都应向大项目经理负责。大多数的大项目经理都无公司级的职位，所以在组织级项目的管理过程中，对于“虚拟团队”的管理就成了大项目经理的巨大挑战。如何让各PM有效地开展工作？如何及时监控项目执行情况？又如何做到管理的及时性？这些问题，往往让大项目经理感到困惑、无奈、无助甚至于无言以对客户的质询。
解决这个问题，要从两个方面着手：
一是从公司内部的组织流程建设着手，建立起组织级项目管理的内部流程文件，明确规定大项目经理和各PM的职责权限、汇报与沟通机制。给予大项目经理“权力”，让其有“势”可以影响到各级管理人员和PM，让组织成为大项目经理的坚实后盾。大项目经理对整个项目的范围、进度、成本等负有责任。在项目中，大项目经理直接“领导”各部门PM，各部分PM负责本部门承担项目的进度、质量和成本。
第二个方面是对大项目经理个人进行针对性专业知识培训。可以选用多种培训的形式，既可以脱产学习，也可以采用专家一对一的指导，也可以选择公司PMO持续跟踪项目来协助大项目经理梳理与解决项目中的问题。总之，通过系统性的培养和实战，让大项目经理有能力驾驭组织级项目的执行。
3.多部门之间的工作 “断裂带”
在组织级项目执行的过程中，往往会有一些工作的划分不是很明确。这时，各部门都会首先考虑自身利益，若是各方都不去做，就出现了工作“断裂带”。
对于“断裂带”的出现，作为大项目经理要有预见性，尽可能在项目的启动和规划阶段将所有可能的工作进行细分并对应。在项目执行中若出现“断裂带”，需要组织的统一协调。由大项目经理发起，由公司组织重新安排调整工作，尽快应对，尽快解决，避免在公司内部出现“扯皮”现象。如果这种“断裂带”出现在公司与公司之间，应积极会同客户就有关工作召开专题会议，给出解决的办法，而不应拖延或拒绝协商。
4.工期紧与合理的项目实施计划之间的矛盾
由于组织级项目的复杂性，前期的规划招投标会花费很多时间，留给后期的实施时间往往很少。所以，很多时候客户自然而然地要考虑到压缩工期，以满足项目整体计划的安排要求。但在项目关键路径的制约下，即使资源充足，对项目的进度影响也不会很大。而往往因为监理或客户的“盲目”要求赶工，造成了多方共同损失。
该矛盾的化解还要源于有效、周密的项目规划。通过细致的风险应对才可以有效地缩短工期。在项目的规划阶段，大项目经理必须从客户切身利益出发，依据承建方的人力资源实际情况，留有余地，协助客户制定出符合本项目实际的实施工期，而不是盲从于客户、监理、总集成等的要求，这点对组织级项目的执行非常关键。
组织级项目本身就是一项系统性工程，要注重项目实施的效果，实施规划必须合理才不会造成各方损失，也就可避免造成社会资源、人力财力的浪费。
5.分包带来的质量“灾难”
组织级项目在执行过程中，各部分也可能涉及到再分包，有向内部的，也有向外部的。内部分包在统一质量体系的约束下，质量问题不会太多，但外包就不会那么幸运了。组织级项目往往是因为外包部分的质量影响了整个项目的实施质量，造成了项目执行的持续拖延，影响整个项目的执行验收和客户的满意度。
针对分包带来的问题如何应对？首先，在项目实施前，要有项目的分包管理策略，明确项目分包各方的职责、行事方式、过程文档的模板（有用户签章的文档或照片等）及数量、成果物质量要求，以及保证质量的活动安排计划等；其次，在项目的执行过程中要全过程监控分包方的执行情况，建立有效的核查机制，加强对分包方文档、成果的核查，包括验证、审核成果物的质量、及时矫正偏差、规范过程文档、检查执行进度等，同时大项目经理应及时通报分包部分的执行情况；最后，要将承包方的实施质量、效果和合同付款结合起来，没有达到实施质量要求的，在合同中明确不予付款。
分包各方都希望获得双赢，合作多方应建立在平等互信的基础之上，通过契约形式共同服务好最终客户。
6.无法及时进行项目阶段收尾
组织级项目在执行过程中划分为多个阶段，每个阶段都可能涉及不同的人力资源需求和安排，那么适时有效的阶段性收尾将会让项目迈向成功，为客户带来价值，同时也有利于承建方的资源释放。大项目经理要及时组织审核过程性文档，不合格的要及时退回整改，避免过程文档拖延造成项目无法进行阶段收尾，影响项目的阶段性回款，对整改项目验收造成灾难性影响。
