更新R版本后无法安装ggscatter,用其他方法画火山图

各位同学,大家好!
想必大家在安装R包的时候会遇到

Warning in install.packages :
  package ‘ggscatter’ is not available (for R version 3.6.1)

上述的状况,这里主要说的是ggscatter包无法匹配R的3.6.1版本,所以我查看了一下自己的R版本(Tool>Global Options),确实是3.6.1。用如下程序进行更新(在R中操作):

install.packages("installr")
require(installr)
updateR()

在弹出的选择框里选择China(Lanzhou),如果用方法的话,下载的速度较快。
接下来,打开Rstudio>help>Check for Updates,如果这里有需要更新版本,就会有提示,点击后会直接跳转到Rstudio的更新界面。

完成了Rstudio版本的更新后,再次尝试下载ggscatter包,出现

Warning in install.packages :
  package ‘ggscatter’ is not available for this version of R

A version of this package for your version of R might be available elsewhere,
see the ideas at
https://cran.r-project.org/doc/manuals/r-patched/R-admin.html#Installing-packages

我们打开此链接,没有发现有用的信息。在网上查到如下代码:

library(ggplot2)
diff <- read.csv("DEG.Out.csv",header = T)

logFC <-diff$logFC
adj <- diff$FDR

data <- data.frame(logFC=logFC,padj=padj)
data$sig[(data$padj > 0.05|data$padj=="NA")|(data$logFC < 0.5)& data$logFC > -0.5] <- "no"
data$sig[data$padj <= 0.05 & data$logFC >= 0.5] <- "up"
data$sig[data$padj <= 0.05 & data$logFC <= -0.5] <- "down"

# 选最大值作为xlim的上下边界
x_lim <- max(logFC,-logFC)
# 绘制火山图
library(ggplot2)
library(RColorBrewer)
pdf(file = "miRNA_volcano.pdf",width=8,height=8)
theme_set(theme_bw())
p <- ggplot(data,aes(logFC,-1*log10(padj),
                   color = sig))+geom_point()+
   xlim(-5,5) +  labs(x="log2(FoldChange)",y="-log10(FDR)")
p <- p + scale_color_manual(values =c("#0072B5","grey","#BC3C28"))+
  geom_hline(yintercept=-log10(0.05),linetype=4)+
  geom_vline(xintercept=c(-0.5,0.5),linetype=4)
p <- p +theme(panel.grid =element_blank())+
    theme(axis.line = element_line(size=0))+ylim(0,15)
p <- p  +guides(colour = FALSE)
p <- p +theme(axis.text=element_text(size=20),axis.title=element_text(size=20))
p
dev.off()
print(p)

下一步,就是去尝试一下了。

©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
【社区内容提示】社区部分内容疑似由AI辅助生成,浏览时请结合常识与多方信息审慎甄别。
平台声明:文章内容(如有图片或视频亦包括在内)由作者上传并发布,文章内容仅代表作者本人观点,简书系信息发布平台,仅提供信息存储服务。

相关阅读更多精彩内容

  • 刚刚学习R语言,由于安装的R语言版本比教程的低一版,因此想着更新一下R语言版本。在使用R包的时候,经常会提示另一个...
    Natsuka阅读 18,790评论 0 7
  • windows下常用Rstudio,可以通过Rstudio 更新R,也可以在R console中更新只需要三步:1...
    11的雾阅读 2,375评论 0 1
  • 笔记本新添加了硬盘,所以将ubuntu系统安装在了新添加的硬盘上。新安装的系统需要删除旧的内核,使用最新的内核。删...
    Mingyan_C阅读 12,437评论 7 2
  • 用两张图告诉你,为什么你的 App 会卡顿? - Android - 掘金 Cover 有什么料? 从这篇文章中你...
    hw1212阅读 13,629评论 2 59
  • 更新R 更新R包 更新所有R包如果用的是Rstudio,要更新library里所有包,一种方法是点击Tools,选...
    guguaihezi阅读 77,152评论 1 31

友情链接更多精彩内容