GDSC数据库使用（分析基因突变与药物敏感性影响）

3. 分析基因突变与药物敏感性影响（GDSC）

1. 通过基因检索

   • Step 1 - 点击"features"，选择泛癌或者其他特定癌种，并输入基因名称"TP53"
   • Step 2 - 下面会有“TP53_mutant”，点击进入可见到火山图"即可观察该基因突变对药物敏感性的影响"-

     此时也可以勾选癌症类型，红色代表突变后引起耐药，绿色表示敏感，面积大小代表显著性差异大小

   • Step 3 - 此时也可以勾选散点图，并且点击散点图的右上角“select drug”还可以选择特定药物，也可以勾选特定癌种

     可以看到该药物作用下基因野生型和突变型的耐药性差异，并且可以一目了然的看到该药物作用下对于该基因突变野生型药物敏感程度在哪种肿瘤中最显著。

2. 通过细胞系检索

   • Step 1 - 点击"cell lines"，可以浏览寻找也可输入细胞系的名称“201T” - 页面会有细胞系名称，COSMIC ID，肿瘤组织，分类等信息
   • Step 2 - 点击“201T”即可进入该细胞系的页面，- 可以看到该细胞系对哪些药物敏感，哪些药物耐药
   • Step 3 - 此时点击“COSMIC ID” - 可以看到该细胞系的基因图谱以及所有信息

3. 通过细胞系检索

• Step 1 - 点击"compounds"，可以浏览寻找也可输入药物名称 - 可以看到药物名称，靶点基因及通路，Pubchem ID
• Step 2 - 点击“cisplatin”即可进入该药物页面，- 可以看到该药物的最大最小IC50以及相关细胞数量，除表格以外，下方有相关数据的excel表格，可以导出分析。
• Step 3 - 还可以点击火山图，显著性差异默认设置为小于20，可以自己根据P值进行重新设置，两个图均可以看到哪些基因突变对该药物的敏感性有所影响。
• 还可以点击散点图，并可以根据右上角的“select features”还可以选择特定基因突变情况，也可以勾选特定癌种