最近有小伙伴,用MacOS系统卡在TCGA数据下载的第一步,让刚刚踏入生信大门的小白,备受打击,今天我来讲一下如何快速使用MacOS从官网下载TCGA数据。
首先需要下载符合系统的GDC Data Transfer Tool:见官网:https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool
然后在TCGA官网,选好自己的数据集,得到gdc_manifest文件,并且把解压好的gdc-client软件放在同一个文件夹,这里有个很重要的地方,也是比较简单的,打开Terminal到当前文件夹。
打开System Preference-keyboard-Shortcuts-Services 勾选New Terminal at Folder or New Terminal Tab at Folder。如下图:
然后可以直接右键单击gdc-client和manifest的所在文件夹 选择打开New Terminal at Folder,然后出现Terminal终端:
此时在Terminal中输入:./gdc-client download -m gdc_manifest_20200319_113528.txt。注意不要忘记gdc-client前面的./gdc-client; Manifest的尾缀.txt都注意保留。然后Enter开始。
然后坐等下载完成,进一步进行整理分析。
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