鉴别牡丹品种，一般是通过花的形状、色彩、香型来区分，其次是通过叶、芽、干、根、果以及株形和分枝方式来识别。
从花冠鉴别
花是鉴定牡丹品种最主要的依据，其特征主要集中于花冠。一般可分为：
单瓣型，花瓣1至3轮，宽大，雄雌蕊正常，如“黄花魁”；
荷花型，花瓣4至5轮，宽大一致，开放时形似荷花，如“似荷莲”；
菊花型，花瓣多轮，自外向内层层排列逐渐变小，如“彩云”；
蔷薇型，花瓣自然增多，自外向内明显变小，少部分瓣化，如“大棕紫”；
托桂型，外瓣明显，宽大且平展，雄蕊瓣化，自外向内变细而稍隆起，呈半球型，如“大胡红”；
金环型，外瓣突出且宽大，中瓣狭长竖直，呈金环型，如“姚黄”；
皇冠型，外瓣突出，中瓣越离花心越宽大，形如皇冠，如“赵粉”；
绣球型，雄蕊完全瓣化，排列紧凑，呈球型，如“赤龙换彩”；
楼子台阁型，由2朵或2朵以上楼子类单花上下重叠而成，如“玉楼点翠”。
从花色上分
牡丹可分红、黄、绿、黑、白、紫、蓝、粉、复色九大色系，在每个色系里又分很多品种，这是最容易分别的。如“胡红”一看就知道是红色，“昆山夜光”是白色，“黑花魁”是黑色，“花二乔”和“岛锦”有两种颜色，故为复色。
从香型上分
一般单瓣或层次少的香味浓，白色牡丹多香，紫色更重，黄蓝清香，“嗅其香便知其花”。
从叶片鉴别
牡丹是2回3出复叶。因品种不同，叶片呈现的形状、宽窄、厚薄、颜色等方面各不相同。如‘大胡红’叶大，圆而肥厚，叶面多平展。“墨洒金”叶形大而长，但小叶狭长，质地薄，稀疏微下垂。“豆绿”叶背有一层白绒毛。
从枝干辨别
通过株形和分株方式来区别牡丹品种。依株形可分为直立型、半展开型、展开型；依分株方式可分单枝型和丛枝型。
从芽上识别
不同牡丹品种，其芽形与芽色不同。“二乔”的芽尖而圆；“青龙卧墨池”的芽尖而带钩，好似鹰嘴；“脂红”的芽为绿色。
