snp数据计算PCA

用GCTA计算PCA特别郁闷,总是到最后一步报错:不能处理多个grm文件,还好plink计算没出问题。

cd ../../Users/apple/Documents/work

./vcftools --vcf combine.filter.vcf --plink --out test  生成两个后缀文件test.ped、test.map

./plink --noweb --file test --make-bed --out test  3个后缀文件test.bed、test.bim 、test.fam

./plink --bfile test --pca 5 --out pca__map    前五个主成分


然后就生成了特征值和特征向量。


有的时候会报错:Could not open temporary file.

搜了一些资料,找到了解决办法./plink --noweb --tfile test --make-bed --out test

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