对于非模式物种，需要做GO或KEGG富集，可以尝试使用EGGNOG-Mapper来对你的物种序列进行快速注释。在注释结果文件中，可以同时获得序列映射上的GO号或KO号，直接提取出来即可。
EGGNOG-Mapper可以直接使用网页版，也能在服务器上进行本地化。由于比对调用的是diamond，因此运行速度很快，2W+基因只需要十来分钟，推荐直接使用网页版。
一、EGGNOG-Mapper网页注释
http://eggnog-mapper.embl.de/
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运行提交的任务(很重要，需要自己手动运行)
1.进入收件箱，选择click manage your job
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start your job
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运行结束，进入下载连接
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二、下载数据的预处理
eggNOG-mapper Helper
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输出文件中，大家可能最关注的有其中四个：
out.emapper.annotations.description.txt，对应的功能文本描述
out.emapper.annotations.GO.txt，对应的是GO注释结果，可直接用于 TBtools GO富集分析，当注释背景文件
out.emapper.annotations.KEGG_Knum.txt，对应的是KEGG注释结果，可直接用于 TBtools KEGG富集分析，当背景注释文件
out.emapper.annotations.pfam.domain.txt，对应的是PFAM结构域注释，注意，这个注释结果是定性的，即有无某结构域，如果一个序列有多个相同结构域，只会显示一个
四个文件的具体信息，截图可看
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