自2024年8月起，core_nt将成为默认选项
如果您对更快的核苷酸BLAST搜索以及更聚焦的搜索结果感兴趣，正如先前公告的那样，NCBI一直在重新评估BLAST核苷酸数据库（nt），以使其更加紧凑和高效。感谢您的反馈，NCBI的BLAST团队很高兴推出核心核苷酸数据库（core_nt），它是默认nt数据库的替代方案，包含更明确的内容，且数据库大小不到原先的一半。
BLAST core_nt相较于nt的优势
- 启用更快的搜索
- 对大多数搜索返回类似的最佳结果
- 为某些高度代表性的有机体减少冗余
- 更易于下载，并且所需存储空间更少，适用于独立运行BLAST
什么是core_nt？
core_nt包含与nt相同的真核转录本和基因相关序列，但不包括大多数真核染色体序列。使用core_nt进行核苷酸BLAST搜索与nt数据库类似，但core_nt更适合常见的BLAST搜索目标，如识别基因相关序列（如转录本和完整的细菌染色体）。近年来，nt数据库包含了更多低相关性、未注释和非基因内容。
示例：
图片显示了使用果蝇rosy基因转录本进行BLAST搜索时core_nt与nt结果的比较。
如果您感兴趣对包括全长染色体在内的真核基因组组装进行搜索，建议使用RefSeq参考基因组数据库（在BLAST数据库列表中可用）或NCBI数据库中的单个组装文件。基因组集还可以通过WGS或微生物BLAST数据库选项进行搜索。
试用一下！
使用我们新的BLAST core_nt数据库并告诉我们您的想法。您可以通过BLAST网页底部的黄色反馈按钮提供反馈。
请注意：2024年8月起，新的BLAST core_nt数据库将成为默认选项，原nt数据库仍将可用。
保持更新
BLAST是NIH比较基因组资源（CGR）的一部分。CGR通过NCBI工具包和社区合作，促进所有真核生物的可靠比较基因组分析。通过@NCBI社交媒体保持最新动态。
有问题？
如有疑问或想提供反馈，请通过info@ncbi.nlm.nih.gov联系他们。
https://ncbiinsights.ncbi.nlm.nih.gov/2024/07/18/new-blast-core-nucleotide-database/
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