1.INDEX文件构建

bismark_genome_preparation --path_to_bowtie /software/bowtie2-2.2.3/ --verbose  ref/

注意：新建ref文件，把hg19_chr1.fa拷贝进去，建索引

2. 比对

```

bismark --bowtie2 -N 0 -L 20 --sam -o test-mapping-out ref ref/test_data.fastq

```

-N 0在比对的时候允许0个错配信息；-L 20是在比对的时候建立的sed的大小是20（序列打成20，应在20-30之间）

双端时：bismark [options] <genome_folder> {-1 <mates1> -2 <mates2> | <singles>}

3

deduplicate_bismark -s test-mapping-out/test_data_bismark_bt2.sam

4.识别到甲基化的c

(1)mkidr  CpGout

(2)bismark_methylation_extractor -s --comprehensive --no_overlap --bedGraph --counts --buffer_size 1G --report --cytosine_report --genome_folder ref test_data_bismark_bt2.deduplicated.sam -o ./CpGout