鸦片战争后，清国朝廷开始关注军队改革的重要性。但是近代军事科学理念仍然难以撼动二百年的陈腐观念，军队后勤体制的思维仍然停留在“兵马未动，粮草先行”的初级阶段。

太平天国战争中，清军主力湘、淮两军的后勤体制开始有些改革，专设有饷械粮台的部门。战役中，又增设前敌粮台、后敌粮台和转运局，明确各部职责提高作业处率。清军的粮台机制，在镇压太平天国的13年内战中，起到了重要的后勤保障作用。然而，这样的后勤保障体系并不能跟上时代发展的步伐。

1885年，中法战争落幕，海战的失败加速了清国的海防建设。同年，清国增设总理海军事务衙门，确定优先发展北洋水师的国家战略。北洋水师号称是一支新型的近代化海军部队，舰船投资与物资消耗量惊人，舰队运行及保养需要注人大量专业技术人才及附属工厂才能维持。1888年《北洋海军章程》正式颁布，进一步明确了水师各部门的职贵。船械局专管维修舰船的船坞和兵船一切器具的添置购买天津海防支应局专管海军的军俸饷；天津军械局专管水陆各军军火的收发威海卫水师养病院专管海军将兵战伤救治。清日战争开战前的近十年中，北洋水师实现了较为完整的后勤保障体系。

然而最困难的是陆运的后勤交通。清代漫长的官马大路，其实是靠马蹄、车轮和人类足迹，经过千百年碾压出来的自然轨迹。这些轨迹通往四面八方，连接有人烟和部落的地方，形成所谓的遭路网络。大多数官马大路是沙石路或泥土路，没有人工筑路的痕迹，没有路基填筑和排水构造，晴朗干燥日尚可以支承骡马载荷通过，雨水日在辎重车辆重压下，道路极易变形、泥泞中车马行进艰难。1894年清日战争爆发时，东北大部分地区已经经历了连年涝灾，路状极差，完全不能满足清军辎重运输的需要，造成了清军后勤补给严重不足。

甲午战争爆发之后，清国派往朝鲜的军队和给养，最初的投送方式是海上运输。19世纪末，清国海上大型运输业几乎被外国洋行垄断，经海路运送兵员只能依赖租借外网汽船公司的船队。丰岛海战，日本联合舰队击沉清国租借的英籍商船高升号，隶属英国印度支那汽船公司。1894年9月17日，清国租用英国和美国的多艘商船向朝鲜运兵。北洋水师主力护送船队时，在大东沟与日本联合舰队发生了黄海海战，结果北洋水师败战，制海权丧失。此后，清军运兵和一切后方支援，只能依靠奉天至平壤的约千里的泥土官道。

清国军事后勤体制的诸多缺陷是导致其在清日战争中全面失败的致命要素和平时期，后勤部门也成为许多官人梦寐的肥缺，他们是执掌部队生存的衙门，高高在上，可是一旦大规模战事爆发，就用天不时、地不利、人不和的客观因素搪塞前方将士的流血牺牲。此等军事后勤体制，显然不能战胜拥有近代兵站理念的日本军队。