数据流的方向：|和>用去传输数据
cat test.fa |head| wc -l
查看text.fa文件，改变输出行为，只显示前10行，再改变输出行为，统计行数
上述是管道的作用
再例如：cat test.fa |head -20|tail -10|less -N
显示第10到20行，并标注行号显示
1、>保存、重定项
将输出的内容写入后面new.fa文件中
例如：cat test.fa |head -20|tail -10|less -N >new.fa
2、>>为追加写入：原有的文件不变加在其后面
3、1>和2>：将检测数据结果的正误，即将结果分流，正确的写入1>，错误的写入2>
例如：cat test.fa >1.fa 2>1.faerr
如果test.fa文件错误，他不会输出到1.fa文件中
打包和压缩
（多个文件放入一个文件夹）（减小储存）
gzip 文件名 #压缩该文件
gunzip 文件名.gz #解压缩该文件
less 文件名.gz 或者zcat 文件名.gz #直接查看压缩文件内容目录
不解压缩合并压缩包：
例如：zcat 1.fq.gz 2.fq.gz |gzip >./cosequence.gz
查看两个压缩文件，再压缩，再重定项为当前目录下的cosequence.gz文件
tar （不影响源文件）
tar -cvf pack.tar[打包后的文件名] [所有打包的文件名] #打包
tar -xvf #解包
gz
tar -zcvf 文件名.tar.gz A B C #A B C打包压缩为gz结尾文件
tar -zxvf 文件名.tar.gz ./ #解压缩.tar.gz 结尾文件到当前文件夹
bz2
tar -jcvf filename.tar.bz2 A B C #A B C打包压缩为bz2结尾文件
tar -jxvf filename.tar.bz2 # 解压缩.tar.bz2结尾文件到当前文件夹
编写脚本
脚本：执行的一条或多条命令保存在一个文件中，分为交互式（Interactive）执行与批处理（batch）
脚本的要素：1. 软件：软件写在第一位。2. 输入内容：可以是文件，也可以是命令行输入。3. 输出内容：可以屏幕输出，也可以保存到文件内。4. 选项参数：通过单个连字符的短选项-，或者两个连字符的长选项--。5. 日志：记录软件运行信息及错误信息，便于排错，通过重定向保存。
vim 是 Linux 系统自带的文本编辑器，相当于windows 系统下的 word。
退出：按 ESC 将 vim 从插入模式或者 visual 模式切换为命令模式。首先按 esc 键切换到命令模式 然后按“shift+：”冒号表示可以输入命令了 然后按
q！不保存退出
wq 保存退出或者 x 保存退出
w+文件名 另存一个文件
运行：ubuntu：bash a1.sh
正常：sh a1.sh
移动
数字 0：移到文章的开头。
按 G：移动到文章的最后。
上下左右
删除文字
在Esc下按10d+向下箭头：删除下方10行
按10d+向上箭头：删除上方10行
按10d+向左箭头：删除左方10个字符
按10d+向右箭头：删除右方10个字符
yy 复制所在行全部
p 粘贴
ctrl+r前进
U退回
15G 表示移动光标至文章15行
vim配置
vim配置文件在家目录下创建一个.vimrc文件即可。
filetype on #支持不同文件扩展名不同语法高亮
syntax on #语法高亮
set autoindent #自动缩进
set nu #设置行号
set tabstop=4 #Tab缩进数目
set softtabstop=4
set expandtab
set shiftwidth=4
set ruler # 设置标尺
set backspace=indent,eol,start
set backspace=2
set expandtab #设置自动缩进
set cindent shiftwidth=4 缩进的字符个数
set foldcolumn=4 #设置折叠模式
替换：
命令下%s/xxx/.../ 回车
搜索：
命令下/xxx 搜索xxx 回车
