单细胞细胞定义合集

对于单细胞数据细胞分群的定义，一直是困惑大家的工作。对一直从事单细胞数据分析的工作人员，细胞定义非常简单；但是新手小白来说还是无从下手。（难者不会，会者不难）

细胞定义思路

• 借助细胞定义开发工具（SingleR，celaref）;
  　　工具背后的原理都是利用自己的基因集和软件提供的背景基因集的相似性去定义细胞类型。如果背景基因集没有某种细胞类型也是定义不到的。（有缺陷啊）
• Marker基因的鉴定；
  　　前期需要做大量的工作，去阅读相关组织类型的文献，收集文献中定义某种细胞类型的marker 基因（该工作不可偷懒）。借助10X提供的loupe文件，定位该类型marker基因表达的位置（细胞大类marker基因完全可以搞定）；同时结合差异基因分析结果，精确定义该群（一些细胞类群的亚群，建议参考）。
  一般在进行定义，首先进行细胞大类的鉴定，比如：鉴定免疫类群，基质细胞，上皮细胞，内皮细胞等；然后在进行精细的细胞定义，比如：免疫分为髓系和淋系，淋系又分为T，B，NK等。
• 细胞类型纠正；
  　　通过一些图形的辅组，例如：小提琴图，点图，热图，marker基因的tsne/umap图等对定义的结果进行纠正。

如图所示：

Figure1.jpg

细胞定义基因查询

下面提供几个网站可以查询一些组织类型的基因，根据该基因可以鉴定细胞类型。

CellMarker2.0 (slwshop.cn)
目前也不断在更新丰富
MCA | Mouse Cell Atlas (zju.edu.cn)
小鼠的组织类型图谱
HCL - Human Cell Landscape (cngb.org)
人的组织类型图谱
Home - Cell Taxonomy - CNCB-NGDC
除了人鼠，还有其他的物种
人鼠细胞定义的网站，可以提供差异基因列表进行细胞定义
ACT