“ Python作为当下最流行的编程语言之一,它简单易用并且具有十分优美的语法。在生物信息学领域,它逐渐取代了Perl语言,成为了生物信息学中必不可少的技能语言之一。”
其实市面上的Python语言教程已经足够多了,但是大部分都缺失和生物信息学的交互,而生信偏重的则缺失了编程的灵魂,导致大家还是陷入了R的圈子里,只会调包,有的时候出现了错误也不知道怎么处理,很多基本的概念也都是处于缺失的状态。
Python可以算是一门非常完备的语言,具有多种视角的开发能力,包括但不限于爬虫书写,网络攻防,网站后端等等领域,所以大部分的教程都是更接近于开发,目标是把你培养成为一名全栈工程师。而生信的Py教程本身还不是很多,所以大家大部分都是看培训机构的,然后几千小时的视频,对于大多数人来说,都是一种折磨。
因此,本Py教程将基于两本生物信息学和python结合的书籍进行讲解,后台Py教程资料里有,大家可以自行拿取。
讲了一堆废话,下面来认识一下这位重量级工具 - Python语言吧!
Python简介
估计Python的介绍这种废话可能大家也不喜欢听,我就不多比比。简单说上个几句吧。
Python是Guido van Rossum这个大佬搞出来的,对了,他还有头发,而且头发还挺浓密的,这说明写Python不掉头发!
.所以大家不用担心Python写多了头发就没了的事情。
Python这门语言是动态类型的语言,还是解释型语言,写起来非常的优美而又简单,并且还有一个大家都知道是特点,包多。而且速度可以接受,上周我把一个i用R写的算法换成了Python来操作,速度明显有了提升。
在大数据和深度学习盛行的当下,使用Python进行数据分析是首选,它具有一众好用的函数库,其中,np,pd已经是众所周知了,加上深度学习大为流行,torch和tf应该也对很多人不陌生,配合上各种其它的处理库,以及简单易用的画图库plt和基于这个系统的sns,应该让很多人对python作为学习语言的首选。
关于Python的教程如何进行,我也在思考,如果从基础开始就是各种数据类型,程序结构,函数,迭代器和生成器,面向对象和异常处理,装饰器,模块等等,然后到各种数据分析库的使用,这样就会很漫长。所以,后面可能分成两条线,分别进行讲解。
下载安装Python
这也是个简单的操作,就是普通的下载安装过程,我这里给个下载地址,然后大家下载安装就可以了。不过我更推荐大家直接使用anaconda,很多库已经装好了,不然后面新手安就会很麻烦,不好处理。
这是一个来自简书的大佬写的教程,我觉得还算比较详细,
https://www.jianshu.com/p/4d6fc96aa43c
我也给大家归纳一下过程,首先,下载,然后安装,然后配置环境变量。
重启电脑,然后在命令行下输入conda -V,不提示你这句话 “conda不是内部或外部命令,也不是可运行的程序或批处理文件。",你就已经安装成功了。
Vscode配置Python开发环境
完成安装以后,我们就要配置开发环境了,这里不推荐一上来就用pycharm,又大又花钱,婆杰版的又不好找,还得进行后续处理,浪费大家宝贵的时间。
所以这里推荐使用一个轻量级的IDE - Vscode.这里也是贴上教程,
这里从第五步开始看就可以了,来自CSDN,
https://blog.csdn.net/caohongxing/article/details/120037045
到上面为止,你的Python环境就已经配置完成了,不过你要是不喜欢Vscode是英文的,也可以换成中文。
从第三步开始看,安完插件以后就重启Vscode就行了,不需要介绍的那么麻烦
https://zhuanlan.zhihu.com/p/342467129
总体流程是这样的,百度搜索Vscode,点进去下载,安装(别安C盘里),****然后打开Vscode,点插件的图标搜索chinese,重启Vscode,****点插件图标搜索Python的支持插件,最后点左下角选择解释器,然后就完成了。
经过上面的一通折腾,我们终于是配置好了Python的开发环境,可以开始我们的Python旅途了。