MD-什么是泛基因组学？ 怎么构建物种的泛基因组？应用？

  • 什么是泛基因组学？ 怎么构建物种的泛基因组？应用？

什么是泛基因组学？ 怎么构建物种的泛基因组？应用？

`核心基因组`  指的是在所有菌株中都存在的基因；
`非必需基因组`  指的是仅在部分菌株中存在的基因（Tetin H, et al. 2005）
  • 核心基因组由所有样本中都存在的序列组成，一般与物种生物学功能和主要表型特征相关，反映了物种的稳定性；
  • 非必需基因组由仅在单个样本或部分样本中存在的序列组成，一般与物种对特定环境的适应性或特有的生物学特征相关，反映了物种的特性。

怎么构建物种的泛基因组

  • SMRT (三代测序)

应用

  • 泛基因组测序是运用高通量测序及生物信息分析手段，针对不同但又相互关联的个体材料进行低/高深度的测序及泛组装，构建泛基因组图谱，丰富该物种的遗传信息。
  • 通过具有内在关联的不同属或科内物种测序分析，不仅可以获得多个基因组，完善该物种的基因集，还可以获得种群甚至个体特有的DNA 序列和功能基因信息，有利于理解物种形成的分子进化机制及其与自然选择的关系。
  • 其选材多样，应用广泛，可选择不同亚种材料进行泛基因组测序来研究物种的起源及演化等重要生物学问题；
  • 可选择野生种和栽培种等不同特性的种质资源进行泛基因组测序去发掘重要性状相关的基因资源，为科学育种提供指导；
  • 可选择不同生态地理类型的种质资源进行泛基因组测序开展物种的适应性进化，外来物种入侵性等热门科学问题的研究，为分子生态学等学科提供新的研究手段
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