DDA和DIA的区别

DDA或IDA为数据依赖采集，DIA或SWATH为数据非依赖采集。


DDA和DIA.png

那如何区分呢？
以msdata包中的PestMix1数据集为例。它是同一个样品采用了两次不同的采集模式。


DDA模式

DIA模式

会发现：

DIA数据的Isolation Windows为一定规律的等差数值组成的向量，而DDA数据采集完一级质谱后，二级质谱的质荷比貌似是随机的，没有规律。
DIA数据基本上每个mz段内都要进行一次二级质谱的采集，相当于是进行了全扫，而DDA数据只有离子强度前几位会进行采集，因此DIA数据体积要比DDA大的多。

参考资料：
LC-MS/MS data analysis with xcms

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