格式转换
hapmap格式：hmp.txt
plink格式：ped和map以及二进制文件bed/bim/fam
vcf格式：vcf
1.1. hapmap <-> vcf
# hapmap -> vcf
run_pipeline.pl -SortGenotypeFilePlugin -inputFile hmp.txt -outputFile test.sort.hmp.txt -fileType Hapmap
run_pipeline.pl -Xmx100g -fork1 -h test.sort.hmp.txt -export -exportType VCF
# vcf -> hapmap
run_pipeline.pl -Xms10g -Xmx100g -vcf in.vcf.gz -sortPositions -export out.hmp.txt -exportType HapmapDiploid
1.2. vcf <-> plink
# vcf -> plink
plink --vcf input.vcf --recode --out output --double-id --autosome-num 42
plink --file A --make-bed --out A --autosome-num 42
#结果生成：ped/map以及二进制文件bed/bim/fam
#添加--recode参数将输出结果调整为ped格式
# plink -> vcf
plink --bfile binary_fileset --export vcf --out new_vcf
#生成的vcf为4.3版本
