格式转换

hapmap格式：hmp.txt

plink格式：ped和map以及二进制文件bed/bim/fam

vcf格式：vcf

1.1. hapmap  <->  vcf

# hapmap -> vcf

run_pipeline.pl -SortGenotypeFilePlugin -inputFile hmp.txt -outputFile test.sort.hmp.txt -fileType Hapmap

run_pipeline.pl -Xmx100g -fork1 -h test.sort.hmp.txt -export -exportType VCF

# vcf -> hapmap

run_pipeline.pl -Xms10g -Xmx100g  -vcf in.vcf.gz -sortPositions -export out.hmp.txt -exportType HapmapDiploid

1.2. vcf  <->  plink

# vcf  ->  plink

plink --vcf input.vcf --recode --out output --double-id  --autosome-num 42

plink --file A --make-bed --out A --autosome-num 42

#结果生成：ped/map以及二进制文件bed/bim/fam

#添加--recode参数将输出结果调整为ped格式

#  plink -> vcf

plink --bfile binary_fileset --export vcf --out new_vcf  

#生成的vcf为4.3版本