潜意识可以分为三个层次：
个人历史的潜意识，这主要是弗洛伊德的论述。在这个层面，潜意识大约相当于心灵三层结构中的伤痛层，也包括自恋、性和攻击性这些原始生命力，以及生本能和死本能，但应该不包括真我或灵性，弗洛伊德不谈这个，还因此警告过荣格不要沉溺于其中。
集体无意识，也就是集体历史的潜意识，这是荣格主要论述的，指由遗传保留的无数同类型经验在心理最深处积淀的人类普遍性精神。
阿赖耶识，这是佛学所说的“第八识”，藏有人类乃至众生的一切信息，大概对应着真我、道等等。
我们多数时候讲到潜意识，是个人历史的潜意识，但在讲艾瑞克森流派的催眠时，潜意识指的是真我。如果我们认为，意识和思维就是一切，那我们就忽略了这三个潜意识层次中的宝藏。
