gffcompare 这个报错真让我 yue 了！
报错
$ gffcompare -r genome/genes.gtf -o stringtie -i stringtie/stringtie_merged.gtf
Error: cannot locate input file:
1 StringTie transcript 998962 1000172 1000 - . gene_id "MSTRG.1"; transcript_id "ENST00000428771"; gene_name "HES4"; ref_gene_id "ENSG00000188290";
不对，怎么报错了？我前面也用了这个命令，能成功运行啊？
经过
那有错也还得解决啊，还能咋办？
把“老三套”独立解决报错的办法搬出来：
（1）搜索引擎检索
基本上啥也检索不到，唯一相关的链接上，只有问题，没有答案。
相关链接：https://github.com/gpertea/gffcompare/issues/3
（2）软件的帮助文档
找不到有用信息。
（3）重装一遍
没有用
反思
以上就是我觉得 rue 了的原因，但谁又能想到小丑竟是我自己！
上面的方法全部试个遍后，仍然没有找到解决办法，那就不能再相信前面成功运行过的命令了，找找别人是怎么用 gffcompare 的。
然后我就发现，-i 选项原来不是那样子用的。
正在我想写文章分享，梳理流程时，发现原来“老三套”中早就提示过了 。
（1）搜索引擎检索
相关链接：https://github.com/gpertea/gffcompare/issues/3
相关链接上是有写的：
（2）软件的帮助文档
帮助文档也是有写的：
没看见啊，没看见！
解决办法
解决办法：
- 单个gtf 文件：不需要用 -i，直接接 gtf 文件；
- 多个 gtf 文件：修改为 -i gtf_list.txt；
gffcompare -r genome/genes.gtf -o stringtie stringtie/stringtie_merged.gtf
